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生物工程系是在原西北轻工业学院食品工程系的发酵工程专业（专科）基础上发展起来的，1996年获批生物工程本科专业并招生，2000年获批生物化工硕士学位授予权，2002年获批发酵工程硕士学位授予权。2008.4成立生物工程系。目前在校本科生，研究生共计281人。
本系现有教师17人，其中教授5人、教授级高工1人、高级工程师3人、副教授1人、讲师6人、助教1人、具博士学位2名、具硕士学位11名。
近年来，主持并完成省级及校级教改项目10项，其中“发酵专业实践教学的系统性与特殊性”获陕西省教学成果二等奖；《微生物学》为陕西省精品课程（2006年），国家“十一五”规划教材；教材《生物工艺原理》获陕西省优秀教材一等奖（2005年）；“微生物学教学新内容与新体系研究与实践”获校级成果一等奖（2005）；“微生物学多媒体教学模式研究”获校级成果一等奖（2004）；“生物工艺原理”课程建设与教学实践获校级教学成果二等奖（2007年）；《生物工程概论》电子教材获（2002年）西安教育技术与网络学会优秀教材二等奖；《生物工程概论》课件获陕西省高校青年教师多媒体课件竞赛优秀奖（2004年）；“生物工程基础实验教学改革研究与实践”通过陕西省教育厅鉴定验收（2005年）。在《微生物学通报》、《西北大学学报》等刊物上发表教学研究论文十余篇。
近年，主持、完成国家“十五”重大科技专项及“十一五”科技支撑计划子课题三项，陕西省科技攻关项目2项，陕西省自然科学基金4项，厅局级及横向课题等10余项。获陕西省科技进步一等奖一项（2007），陕西省科技进步二等奖一项（2004年），咸阳市科技进步二等奖一项，获国家发明专利2项，出版教材及专著近10部，发表科学研究论文100余篇。
已形成生物发酵代谢过程与控制、生物制药、酶工程、酒类酿造、生化制备分离工程、发酵产物及天然活性物质分离纯化技术、药食用真菌资源开发、废水生物处理、应用微生物学等多个研究方向。
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