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哈尔滨医科大学药学院始建于2001年9月，下设药理学、临床药理学、生药学、药剂学、生物制药学、有机化学、无机化学与物理化学、药物化学与天然药物化学、药物分析与分析化学、医用物理学、药事管理与法规学11个教研室，一个药学实验中心。现有教职工132人，教授34人，副教授27人，讲师32人，助教29人，其中，博士研究生导师12人，硕士研究生导师25人。现有学生996名，其中在读博士研究生27人，硕士研究生170人，本科学生799人。
学院为药学一级学科硕士点、药学博士后科研流动站，现有博士后研究人员56人。药学专业为教育部一类特色专业，临床药学专业为我国医学院校唯一试办专业。药理学科为国家重点学科、二级学科博士点、博士学位授权点及博士后工作站；药理学教研室被评为省级优秀教学团队；生物制药学科为黑龙江省重点学科；临床药物研究所为国家新药临床实验研究中心、卫生部临床药理基地及博士后工作站。黑龙江省生物医药工程重点实验室—省部共建国家重点实验室培育基地设在我院。
学院为教育部和卫生部规划教材主编单位，《药理学》、《基础化学》、《无机化学》、《医用化学》、《医用物理学》等八部教材为普通高等教育“十一五”规划国家级教材；国家级精品课１门（药理学），国家双语教学示范课程1门（药理学），省级精品课1门（基础化学）；无机化学与物理化学教研室徐春祥教授主编的《基础化学》、《有机化学》教材被评为“高等教育百门精品课程教材”精品项目；
学院共获得科研课题资助项目164项，其中包括国家科技部“863”计划项目、杨宝峰教授以首席科学家身份领衔的“973”计划项目、人类肝脏蛋白质组计划子项目、国家自然科学基金项目及省部级各类科研项目；获国家科技进步奖及国家、省部级二等以上的科研成果奖励33项；申报发明专利25项，已授权5项；共发表科技文章606篇，其中SCI收录187篇（影响因子最高为28.9），EI收录4篇。
学院在抓好教学、科研和管理的基础上，不断扩大对外交流，强化党的建设、思想政治工作和精神文明建设。
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