理学院应用化学系，拥有应用化学本科专业和应用化学硕士点。现有教师 41 人，多毕业于南京大学、吉林大学、哈尔滨工业大学、南开大学、北京师范大学、东北师范大学等国内知名的重点大学，具有博士、硕士学位的教师 29 人。教 师中有 教授 3 名，副教授 8 名。其中博士生研究生导师 1 名，硕士生研究生导师 6 名，黑龙江省教学名师 1 名，东北农业大学 B 类教授 3 名，东北农业大学 C 类教授 1 名。应用化学系师资队伍的职称结构和年龄结构合理，是一个充满活力和朝气的集体。
    应用化学是东北农业大学首批教学创新团队之一，承担全校本科生的普通化学、分析化学、有机化学、实验化学、物理化学、工科大学化学、仪器分析、无机及分析化学课程；研究生的有机农药合成、农药残留分析、精细有机合成、天然有机物化学、波谱学与色谱学、化学文献等课程。近年来，应用化学系主持国家、省及其校教学研究课题 21 项，主编 普通高等教育 “ 十一五 ” 国家级规划教材 4 部、 主编出版农业部 “ 十五 ” 和 “ 十一五 ” 规划教材 10 部，其中《有机化学》获得 2006 年全国高等农业院校优秀教材奖。获得教育部霍英东青年教师奖一项、黑龙江省教学成果一等奖两项、黑龙江省教学成果二等奖一项；《有机化学》、《大学化学》和《实验化学》三门课程被评为黑龙江省精品课程。近年在《化学通报》、《大学化学》、《高等农业教育》等期刊发表教学改革与研究论文 40 余篇。
    近年来，应用化学系主持国家自然科学基金、国家科技部 “ 十五 ” 科技攻关项目、黑龙江省 “ 十五 ” 和 “ 十一五 ” 重大科技攻关项目以及横向联合课题等 30 项，获得课题经费达 200 多万；研究方向包括：新农药的合成与生物活性测定、农药残留分析、化学传感器的研究、天然产物的提取与应用等。近年来，应用化学系获得国家教育部科技成果一项、黑龙江省科技进步二等奖两项、黑龙江省科技进步三等奖一项、黑龙江省高校科学技术一等奖一项、黑龙江省高校科学技术二等奖一项，申请国家发明专利五项，发表科学研究论文 100 余篇，其中有十余篇被 SCI 、 EI 收录。