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制药工程专业为省级重点专业、省级特色专业，1976年开始本科教育，2000年开始培养硕士研究生，有药物化学硕士学位授权点。该专业培养具备制药工程学科基础理论、基本知识和基本技能，能够从事医药产品的生产、开发、应用、管理等方面的高级工程技术人才。
2007年制药工程专业被省教委确立为省级重点、特色专业。现有制药工程专业人才培养模式创新实验区1个，校级重点学科1个；校级重点课程2门；校级精品课程1门。具备完善的培养体系和强大的师资队伍，拥有专任教师22人，教授5人,副教授4人，讲师9人，助教4人。其中博士4人，硕士13人。教师中有中国药物生物技术理事会理事、《天然药物化学》杂志编委、全国高等教育协会教材编写委员会委员、中国药学会高级会员、黑龙江省化学学会理事、佳木斯药学会医药科教专业委员会主任委员、天然药物化学分会副主任委员、制药工程在专业委员会副主任委员等。
近三年，主编及参编8部专业教材，发表论文79篇，SCI收录20篇，EI 收录3篇。主持国际合作项目、国家科技部“973”课题子课题，国家自然科学基金项目、部省厅级共26项，科研经费达到200多万元。获奖成果和专利12项。在学科建设过程中，坚持以学科建设为龙头，把学科建设与提升专业办学水平相结合，以学科工作统筹专业建设与人才培养。在科学研究方面，努力加强技术集成，加强产学研结合，加大科技成果转化力度，为地方经济服务。制药工程专业特色鲜明，多学科综合与交叉，淡化传统专业意识，拓宽专业口径，强化综合化和通识化教育，构建多种模式培养人才，为学生就业拓宽渠道。
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