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哈尔滨工程大学自动化学院是在原“哈军工”时期海军工程系的“海道测量”、“船舶电器自动化”、“武备自动化”和“导弹发射装置”四个专业的基础上发展起来的，1998年7月由原自动控制系、航天工程系导弹控制专业和系统工程研究室组建成立自动化学院，是人才培养、教学和科研实力雄厚的学院。自动化学院位于“军工”大院雄伟壮观的31#教学楼，现有计算机控制、惯性导航与测控技术、自动控制理论、自动控制系统、电气工程、机器人与智能控制、舰船组合导航、人工智能与模式识别、系统工程、探测制导与控制、生物医学工程等11个教研室，自动控制教学实验中心、惯性技术与导航、船舶控制工程、电气工程、机器人与智能控制、舰船组合导航、深测制导与控制技术、生物医学工程等8个实验室，惯性导航与测控技术、船舶减摇与控制技术、导航技术与设备、自动化工程、北飒海洋装置设备等5个研究所。学院科研、实验用地七千多平方米，固定资产总值达5000万元，配有先进的教学仪器设备，为学生的教学实验和创新实践提供了良好的实验环境。
学院拥有“控制科学与工程”一级学科博士学位授予权及博士后科研流动站和“电气工程”一级学科硕士学位授予权。拥有“控制理论与控制工程”、“导航、制导与控制”、“模式识别与智能系统”、“检测技术与自动化装置”、“系统工程”、“精密仪器及机械”等6个博士学位授权点，“控制理论与控制工程”与“导航、制导与控制”两学科被列为国家“211工程”“九五”及“十五”重点建设学科，投资建设经费达3000多万元，“导航、制导与控制”学科是国家重点学科和国防重点学科。2003年教育部对全国高校“控制科学与工程”一级学科评估中，我院的“控制科学与工程”学科名列第13名。
学院拥有“控制理论与控制工程”、“导航、制导与控制”、“模式识别与智能系统”、“检测技术与自动化装置”、“系统工程”、“精密仪器及机械”、“机械电子工程”、 “测试计量技术与仪器” 、“电力电子与电力传动”、“电力系统及其自动化”、“电机与电器”、“高电压与绝缘技术”、“电工理论与新技术”、“生物医学工程”、“系统分析与集成”和“交通信息工程与控制”等16个硕士学位授权点。拥有“控制工程”、“电气工程”、“项目管理”和“仪器仪表工程”等 4个工程硕士专业领域，拥有“控制理论与控制工程”和“导航、制导与控制” 2个高校教师系列学位授权点。在2005年全国“控制工程”领域工程硕士培养质量评估中，我院被评为第一名。
设有自动化、测控技术与仪器、电气工程及其自动化、探测制导与控制技术、生物医学工程、飞行技术等6个本科专业，2005年自动化专业入选黑龙江省本科重点专业。
学院在岗教师有167人，其中教授和研究员47人、副教授23人，获得博士学位教师55人。学院一向注重师资队伍建设，曾有40%的教师赴美国、德国、加拿大、英国、瑞典、日本等国家学习、进修或合作研究，大大提高了教学质量和办学效益。现正在与国内外多所重点大学和科研院所建立合作交流关系。
学院具有雄厚的科研实力和科研特色。近三年来，承担各类科研项目近300项，科研经费到款近2亿元。获国家级科技奖12项、省部级奖100余项，其中舰船减摇控制技术、舰船组合导航技术达到国际先进、国内领先水平。几年来，在国内外刊物及学术会议上发表学术论文3000余篇，出版学术著作200余部。
学院已为国家培养本科生5000余人，研究生1000余人，其中绝大部分已成为国家经济建设、国防建设、科学研究和高等教育等方面的骨干。本学年度在院就读的本科生有1764人，硕士研究生734人，博士研究生193人，博士后研究人员20人。工程硕士和高校教师系列在读生100余人。学生学习风气浓厚，每年有近40%的学生保送或考取硕士研究生，毕业生就业率达96%以上，我院学生曾在全国大学生“挑战杯” 电子设计大赛、国际数学建模竞赛、机器人设计大赛、SCILAB程序设计大赛等赛事获得大奖。
学院教师在中国电子学会、中国人工智能学会、中国惯性技术学会、海洋学会、中国造船工程学会、中国液压气动学会、中国自动化学会智能自动化专业委员会、黑龙江省人工智能学会、黑龙江省自动化学会、黑龙江省造船工程学会、黑龙江系统仿真学会等30多个学术团体、协会担任理事长、常务理事、理事、技术顾问等职务，还有国家级科技奖评审专家、全国导航标准化技术委员会委员和国防科学技术奖评审委员会委员。同时拥有自动化系统工程师（ASE）培训和测试中心、国家计算机技术与软件专业技术资格（水平）考试中心以及微软系统工程师培训考试中心。
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