农学院下设农学、植物保护两个系,作物栽培等8个教研室，以及院办和学生工作办公室两个行政机构。学院非常重视专业和学科建设，现有作物学一级博士学位授权学科，并建立了博士后流动站；作物栽培学与耕作学、作物遗传育种学、植物病理学、菌类作物学、作物种子科学与工程学和作物生理生态学6个博士学位授予2级学科，其中作物栽培学与耕作学为农业部和省级重点学科，作物遗传育种学和植物病理学为省级重点学科；作物栽培学与耕作学、作物遗传育种学、植物病理学、菌类作物学、作物种子科学与工程学、作物生理学、农业昆虫和害虫防治7个硕士学位授权2级学科；学院目前有农学、植物保护、农艺教育、应用生物科学和食药用菌5个本、专科专业。学院建设有教育部食药用菌产业化工程中心、吉林省大豆区域创新中心，设有菌物、水稻、特用玉米、玉米和农业生物技术5个研究机构和农学、植物保护、植物生理3个一级实验室，拥有谷物分析仪、光合作用测定系统、高速冰冻离心机等现代教学、科研仪器设备，仪器设备总值达到900万元，生均设备值1万元，为教学和科研提供了充分的保障。

　　学院坚持以教学工作为中心，以学生为主体，全面推进素质教育，不断提高教学水平和人才培养质量。《植物生理学》课程被确定为省级建设精品课程，《作物育种学》等3门课程被评为省级优秀课程，获得国家级教学改革研究成果奖一等奖1项，获得优秀教学成果省级一等奖2 项，国家二等奖1项。建立了完善的实践教学体系和30多个稳固的校外实践教学基地。“十五”期间，应届本科毕业生考取硕士研究生的比率达30%以上。近三年，硕士研究生的博士生考取率达50%以上。本科毕业生就业率一直保持在95%以上。同时学院重视学生综合素质的提高，成立了昆虫学社、蘑菇爱好者协会等专业性学生社团组织，为学生的锻炼提供了舞台。

　　学院科学研究与科技推广硕果累累。“九五”以来，学院承担国家、省部级项目100余项，获国家、省部级奖励60余项，李玉教授主持的“黏菌代表类群系统研究” 获国家自然科学奖二等奖；培育农作物新品种40余个，出版学术专著60多部，发表学术论文800余篇。学院响应学校 “把论文写在吉林大地上”的办学理念，积极投身于吉林省地方经济建设，先后主持并完成了“高效农业科技示范区”、“省长丰产方”、“玉米大面积丰产栽培”和国家农发办“现代化农林示范”等项目，为地方经济的发展做出了贡献，学院先后获得“科研管理工作先进学院”等荣誉称号。

　　学院十分重视国际交流与合作，先后与美国、俄罗斯、荷兰、日本、韩国、澳大利亚、加拿大、哥伦比亚、厄瓜多尔、加纳、罗马尼亚等10多个国家的高校、科研机构开展学术交流与合作， 2001年，农学院成为由国际热带农业研究中心（CIAT）、福特基金会（FD）和加拿大国际发展研究中心（IDRC）支持的“以农民为中心”的12个“参与式教学模式”研究网络单位之一，2006年建立“中俄菌类资源保育与研究中心”，长期开展国际项目研究和学术交流。

　　目前，学院正积极加强现代生物技术、农业工程技术与传统学科的渗透交叉，以提升传统优势学科水平。同时狠抓人才培养和学科建设，以本科教育为基础，大力发展研究生教育。展望未来，我们将秉承先辈的优良传统，扎实工作，开拓创新，力争把学院建设成为国内知名的教学研究型学院。