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果蔬研究所是以四川农业大学园艺学科为依托建立的专门研究机构。四川农业大学园艺学科始于1935年国立四川大学农学院果蔬专业。经过几代人的共同努力，园艺学科1994年获得“果树学”硕士学位授予权，2003年获得“果树学”博士授予权和“蔬菜学”硕士学位授予权，2011年获得“园艺学”博士学位授予权。
四川农业大学 “果树学”为四川省重点学科和学校“211工程”重点建设学科，建有“园艺植物种质改良”和“果树栽培与生态”2个省级重点实验室，“园艺综合实验室”和“园艺实验中心”2个校级研究平台；有“果树学”和“蔬菜学”研究人员22人，其中教授5人（国务院政府特殊津贴获得者1人，教育部新世纪优秀人才1人，四川省学术和技术带头人3人）、副教授7人。在22位研究人员中，16人具有博士学位，6人具1年以上留学经历。
四川农业大学园艺学科通过长期的积淀，形成了园艺植物生物技术与种质创新、果树生态生理与优质高效栽培理论与技术、蔬菜育种与优质高效栽培理论与技术等稳定的研究方向，在四川及西南地区特异园艺植物资源筛选与种质创新和多生态类型园艺植物优质高效栽培理论与技术的研究方面具有明显的优势和特色。
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