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作物科学学院是福建农林大学办学历史最悠久的学院之一，由创建于1936年的福建协和大学农科农学系和创建于1940年的福建省立农学院农艺系演进而来。学院72年的发展历史承载着几代农学人敬业奉献、明德启智的优良传统。
学院现设有2个系：农学系、农村区域发展系；1个实验中心（下设10个功能实验室）：作物遗传学实验室、作物育种和种子实验室、生物信息数据处理实验室、油料作物实验室、作物栽培学与耕作学实验室、作物生物学实验室、农业气象学实验室、薯类作物实验室、农村区域发展实验室、生态学实验室；6个研究所：甘蔗综合利用研究所、作物遗传改良研究所、农产品品质研究所、农村发展研究所、油料作物研究所、农业生态研究所；5个省部级重点实验室：农业部甘蔗生理生态与遗传改良重点开放实验室、作物应用遗传学福建省高校重点（开放）实验室、福建省水稻分子标记辅助育种重点实验室、福建省高校农业生物技术重点实验室、财政部海峡两岸农产品品质基础实验室；4个部级研究开发基地：全国甘蔗引种检疫站、农业部甘蔗及制品质量监督检验测试中心、国家糖料作物改良中心福州甘蔗分中心、农业部转基因（动、植物、微生物）成分检测中心；1个省级创新平台：福建省特种稻创新平台；3个研究中心：作物工程研究中心、能源植物研究中心、台湾农科教研究中心；4个国家、省级学术机构的挂靠单位：全国甘蔗品种鉴定委员会、全国糖料标准化技术委员会、中国作物学会甘蔗专业委员会、福建省遗传学会。这些机构的设立为学院的人才培养创造了优越的条件。
学院具备研究生、本科、成人教育多层次的人才培养体系，现开设农学和农村区域发展2个文理兼顾、各具特色的本科专业。已培养本科生6000多人，硕士生450人，博士生130人，博士后出站8人，农业推广专业硕士研究生190 人。现有在校本科生1098人，硕士研究生163人，博士生40人，在站博士后13人，农业推广专业硕士研究生228人。
学院拥有一支实力雄厚、结构合理的师资队伍。现有国家有突出贡献的中青年专家2人，享受国务院政府特殊津贴人员5人，中国十大杰出青年志愿者1人，全国青年志愿者金奖1人，闽江学者特聘教授1人，福建省杰出科技人员2人，福建省优秀专家4人，福建省优秀教师1人。教授（研究员）15人，博士生导师15人，副教授（包括其他副高人员）35人，教师中具有博士学位29人，具有硕士学位34人，在职攻读博士学位12人。博、硕士学位占72.41 %，教授、副教授占57.47 %。
学院专业底蕴深厚，学科资源优良。现有1个国家重点（培育）学科：作物遗传育种；1个农业部重点学科：作物遗传育种；2个福建省重点学科：作物遗传育种、作物栽培学与耕作学；1个博士学位授权一级学科：作物学；1个博士后流动站：作物学；7个博士、硕士学位授权点：作物栽培学与耕作学、作物遗传育种、种子科学与工程、草业科学与技术、农业生物技术、持续发展与推广学、农业多功能性产业；1个专业硕士点：农业推广。
学院一贯重视科学研究和成果转化工作，坚持产学研互动发展，为海西经济建设做出积极贡献。近年来取得了丰硕的科研成果，特别是2006年获得国家科学技术发明二等奖，实现了建国以来福建省生命科学领域零的突破。学院承担的科研项目和经费总额一直名列学校前茅。近年来，共承担科研课题124项，总经费14152.7万元。其中国家863计划项目10项，经费850.0万元；国家自然科学基金项目14项，经费350.0万元；国家948项目3项，经费2260.0万元；国家部委项目21项，经费10200.5万元；省级项目76项，经费492.2万元。获得国家、省部级科技成果奖8项；鉴定成果27项；审定（认定）41个作物品种，其中，国家审定（认定）12个；省级审定（认定）29个。申请、授权品种权保护28项，其中，品种权保护申请17项、品种权保护授权11项；专利申请14项；发表学术论文255篇。
学院重视科研成果产业化开发，组建了3个产学研相结合的科技型企业。其中福建金山种子有限公司是福建省种子行业首家以科教单位为依托，产、学、研相结合，育、繁、推、销一体化的高科技型种子企业。水稻秸秆高效利用、水稻、甘蔗、红麻、甘薯、花生等作物新品种推广创造的社会经济效益在15亿元以上。学院已成为福建省发展粮、蔗、麻、油生产的重要技术依托单位，为繁荣海峡西岸经济区建设做出了重要贡献。
学院积极推动教学改革，已建成农业生态学、现代科学与技术概论和生态学3 门省级精品课程；农村社会调查学和田间试验与统计分析2 门省级网络课程；遗传学、现代科学与技术概论、农业生态学、生态学、作物栽培学、作物育种学和试验设计与统计分析7门校级精品课程。2004年以来主编、参编出版教材、著作22 部，其中，被列入“十五”、“十一五”规划教材、21世纪高等院校教材、农林规划教材10 部。获得国家级教材奖2项；省级高等教育教学成果奖2项；校级教学成果奖2项。
学院十分重视学生实践能力和科技创新能力的培养，近年来，有70多项学生作品参加了大学生两赛活动，其中，获得第八、九、十届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛自然科学类一等奖1项、三等奖2项；“挑战杯”全省大学生课外学术科技作品竞赛自然科学类二等奖1项；创业计划大赛铜奖1项；校大学生课外学术科技作品竞赛二等奖2项、三等奖11项；校大学生创业计划大赛二等奖1项、三等奖2项。在学风建设方面，近年来，获全国大中专学生暑期社会实践活动优秀服务团队4个；全国先进班集体1个；国家一等奖学金4人、二等奖学金6人；福建省高校文明宿舍2间；福建省优秀学生干部5人；福建省三好学生5人；福建省先进班集体3个；学院还获得了学校思想政治创新活动一等奖、学校学生工作先进集体、福建省五四红旗团委、福建省高校先进基层党组织、福建省先进基层党组织等荣誉称号。
学院积极开展国际交流与合作，提高综合办学实力。近年来，先后与美、英、德、澳、加等10多个国家和地区的教育、科研机构进行学术交流和合作；通过国家公派、校际交流合作等多种方式和途径，有计划地派遣了100 多人次教师和管理人员到国内外进修、访问、攻读博士学位或做博士后研究和开展科研合作；邀请了国内外不同领域的知名学者前来讲学，平均每年达10人次以上；举办了10多次不同规模的国际性和全国性学术会议；年均 150 人次参加国内外的各种学术会议，其中有 8 人次应邀在国际学术会议作大会报告，使学院的学术影响不断扩大，学术声誉不断提高。在闽台合作方面，福建与台湾同属亚热带，作物类型、栽培技术、耕作制度基本相同，具有很强的互补性。学院紧紧依托学校与台湾高校的学缘优势和地理区位优势、签订合作交流协议、建立正式校际交流关系渠道，加大闽台合作交流。主要有：（1）在互访中提高师生学术水平。学院每年都派出1-2名专家学者赴台考察、开展合作研究。同时，每年邀请与接待来自台湾相关高校和科研单位的专家学者5-8人，举办学术讲座，开展学术交流，为学生授课，授课内容涉及相关领域的科研最前沿。（2）在合作培养中扩大办学层次。2008年3月我院2004级农学专业的陈生、朱斌、庄晓晶3位同学赴台湾屏东科技大学热带农业系学习。（3）在引进教材中更新教学内容。学院积极引进台湾农业高校教材，分别作为相关课程的任课教师教学参考书，教材质量普遍反映较好。（4）在合作研究中增强科研创新能力。学院建立了财政部海峡两岸农产品品质基础实验室和台湾名特优作物种质资源引种示范基地；已获农业部批准立项建设福建省闽台合作甘蔗良种产业化示范基地；开展了台湾作物优质品种资源的引进、发掘和育种利用研究；主办了第四届海峡两岸植物分子生物学与生物技术学术研讨会，参加了第三、第五、第六届海峡两岸植物分子生物学与生物技术学术研讨会；承办了以“庭园经济与乡村旅游发展”为主题的“第五届海峡两岸科技与经济论坛”，并与台湾屏东科技大学等合作，共同出版了第五届海峡两岸科技与经济论坛论文集；与台湾休闲农业学会共同举办主题为《观光休闲农场经营管理》、《休闲农场景观规划与环境管理》和《休闲农业土地利用方式》等方面的休闲农场培训班。
在72年的办学历程中，学院为国家特别是海峡西岸经济建设培养了一大批农业科学高级人才，毕业生遍布全国各地和许多国家。中国科学院院士谢联辉教授、中国工程院院士余松烈教授是我院校友中的杰出代表；此外，发展我国黄麻和甘蔗事业的先驱卢浩然教授和周可涌教授，我国杂交水稻遗传育种的著名专家蔡俊迈教授，我国知名的水稻专家吴志强教授、陈启锋教授、杨仁崔研究员、杨聚宝研究员等，我国甘蔗科研和生产的知名专家陈如凯教授，都是学院老一辈的科学家和教育家，为我国农业发展做出了卓越的贡献。现任校长、作物遗传育种学家郑金贵教授及其带领的研究团队，将作物遗传改良技术与综合利用、产业化下游技术紧密联系在一起，在基因工程技术改良水稻秸秆品质及其高效利用等方面取得了重大突破，开辟了一条绿色农业的发展道路，为地方经济建设做出了重要贡献。其研究成果于2006年度获得国家技术发明奖二等奖，实现了建国以来福建省生命科学领域零的突破。据不完全统计，我院培养的优秀毕业生已在各行业、各领域担当重任。毕业生中涌现出一大批精英人才，有中国科学院院士和中国工程院院士各 1 人，省级领导 6 人，厅局级领导 25 人；有现任联合国粮农组织（FAO）/国际原子能机构（IAEA）联合司的司长；有科研院所和高等学校的校长、学者；有杰出企业家等。“今日我以母院为荣，明日母院以我为荣”的观念深深植根于学子心灵。
学院在72年的办学历程中，始终坚持以教学为中心，以质量求生存，以创新求发展，充分发挥自身办学优势，形成了较为鲜明的办学特色：七十二载，薪火传承；育人为本，英才辈出；矢志三农，强基创新；闽台互动，服务海西。
学院今后将全面贯彻党和国家的教育方针，主动融入高等农业教育改革，积极参与社会主义新农村建设，立足海西，面向全国，服务三农。在10年时间内将学院建成农科优势明显，文理交叉渗透，综合实力较强的学院，朝着综合性、研究型、国际化的目标迈进。
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