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从创建于1907年的福建优级师范学堂史地专科至今，本校地理学科已走过近百年历程。1952年福建师范学院始建地理系，1958年成立中科院华东分院福建地理所（1964年更名为福建地理研究所）；1970年（文革期间）系所均被迫停办；1972年和1982年先后复办福建师范大学地理系（后增设旅游系和土地与城市系）和地理研究所；1999年8月，由地理系和地理研究所组建地理科学学院。
经过几代人的不懈努力，学院在学科建设、教学科研、师资队伍、人才培养等方面不断登上新台阶，已成为居全国高师同类院系前列、在我国东南部地区起学科辐射作用的地理、资源与环境领域人才培养基地和科研机构。学院曾多次获校思想政治工作、文明校园建设、产学研和科研管理先进单位等荣誉称号。
目前学院形成比较完整的办学体系和支撑体系，拥有地理学博士后科研流动站，地理学一级学科博士点，生态学一级学科博士点，自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、自然资源学、城市与区域规划等5个二级学科博士点，自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、自然资源、生态地理学、生态学、土地资源管理、水土保持与荒漠化防治、环境地理学、区域开发与规划等10个硕士点和教育硕士点地理教育方向，地理科学（国家理科基地）、地理科学（师范）、地理信息系统、资源环境与城乡规划、生态学等5个本科专业。设地理学国家理科基地、地理系、资源与城市规划系、地球信息科学系、生态环境系，有福建省湿润亚热带山地生态重点实验室省部共建国家重点实验室培育基地、湿润亚热带生态-地理过程省部共建教育部重点实验室、福建省亚热带资源与环境重点实验室、福建省地理实验教学示范中心，地理研究所、城乡规划设计研究所、生态文明研究所，自然资源研究中心、亚热带湿地研究中心、地球信息科学研究中心、人口与发展研究中心等教学科研单位。福建省地理学会、自然资源学会、天文学会、生态文明研究会、教育学会地理教学研究会挂靠学院。
学院拥有一支结构日趋合理的师资队伍，现有专任教学科研人员135人，其中有国际欧亚科学院院士2人，博士生导师12人，国家自然科学基金委员会第十二届专家评审组成员1人，教授27人，副教授39人。杨玉盛教授领导的“湿润亚热带山地生态地理过程”团队入选教育部创新团队。引进黄志群教授入选教育部“新世纪优秀人才支持计划”，引进海西学者-福建省“千人计划” 刘秀铭教授。
近年来，学院承担了国家自然科学基金重点项目1项，国家自然科学基金面上、青年等项目32项，经费1461万元，承担国家重点基础研究发展计划（973）项目前期课题1项、子课题1项，国际合作项目6项。科研成果获省部级以上奖励22项。发表论文958篇，其中SCI、EI收录85篇，特别是在Global Change Biology（SCI I区）、Plant and Soil（SCI II区）等高影响因子SCI刊物发表论文取得突破。近年来，学院继续发展学科优势，积极承担了福建省资源与环境五年计划及中长期科技发展规划，福建省生态功能、主体功能区划，福建省土地利用总体规划修编试点研究，福建省重点港湾海域使用规划，全省土壤污染大调查，海洋资源价值绿色评估及其应用，福建省林业保护利用规划，福州（平潭）综合试验区的生态建设与环境保护规划等一系列横向课题任务，经费近2500万元。
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