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福建医科大学创建于1937年，其前身是福建省立医学专科学校。1939年改名为福建省立医学院。1949年改称福建医学院。1969年，与福建中医学院、华侨大学医疗系合并，成立福建医科大学。1982年更名为福建医学院。1996年4月改为现名。
经过70多年的建设发展，学校已形成学士—硕士—博士人才培养体系和“勤奋、严谨、求实、创新”优良校风，成为一所集教学、科研、医疗、预防和社会服务为一体的省属医科大学。2003年，被福建省人民政府确定为重点建设高校。同年以良好的成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。
学校现有上街、台江2个校区，占地1300余亩，校舍建筑面积37.9万平方米。学校多次被评为福建省党建和思想政治工作先进高校、省文明学校、省“依法治校”示范校、省“校务公开”示范校、省计划生育先进单位、省卫生先进单位、省绿化模范单位和省级花园式单位等。2008年9月，学校被授予“全国教育系统抗震救灾先进集体”荣誉称号。
学校现有19个学院（部），即基础医学院、公共卫生学院、药学院、护理学院、口腔医学院、医学技术与工程学院、人文学院、研究生教育学院、海外教育学院、成人教育学院、职业技术学院、继续教育学院、第一临床医学院、第二临床医学院、协和临床医学院、省立临床医学院、福总临床医学院、思想政治理论课教学研究部和体育教研部；25个本科专业（方向），即临床医学（本硕连读）、临床医学、临床医学（临床病理学方向）、临床医学（急救医学方向）、口腔医学、医学检验、麻醉学、医学影像学、临床医学（眼与视光学方向）、康复治疗学、预防医学、预防医学（检验检疫方向）、预防医学（妇幼保健方向）、护理学、药学、药学（临床药学方向）、药学（药物分析方向）、药学（药物制剂方向）、药物制剂、应用心理学、英语、社会工作、公共事业管理、公共事业管理（卫生管理方向）、公共事业管理（医院管理方向）；有二级学科博士点8个、三级学科博士点22个，一级学科硕士点4个、二级学科硕士点45个，硕士专业学位授权点5个。目前，各类在校生近23000人，其中本科生12000多人，博士、硕士生2200多人，本科专业面向全国30个省、直辖市、自治区招生，并招收港澳台侨生和外国留学生。
学校现有教职医护员工5638人，其中校本部900人。在930名专任教师中，具有研究生学位占63.09 %，高级职称占55.47%。博士生导师65名，硕士生导师455名。国家有突出贡献中青年专家4人，“新世纪百千万人才工程”国家级人选6人，卫生部有突出贡献中青年专家4人，教育部优秀青年教师资助3人，教育部骨干教师资助8人，享受国务院特殊津贴专家104人，福建省优秀专家16人，“福建省百千万人才工程”人选 62 人，福建省高校教学名师10人，福建省高校新世纪优秀人才支持计划人选30人，福建省高校创新团队2个。
学校有附属医院（含临床医学院）13所，即附属第一医院、附属第二医院、附属协和医院、附属口腔医院、省立临床医学院（省立医院）、福总临床医学院（南京军区福州总医院）、附属漳州市医院、附属泉州第一医院、附属三明第一医院、附属龙岩第一医院、附属传染病医院、附属闽东医院、附属南平第一医院。此外，有临床教学医院29所，形成了比较完善的临床教学与实践教学基地网络。
学校现有临床医学和基础医学2个博士后科研流动站，科研机构69个，国家重点培育学科1个，省“211工程”重点学科2个，省教育厅重点学科13个，省科技厅优先发展学科8个，教育部重点实验室1个，省重点实验室1个，省部共建重点实验室2个，省教育厅重点实验室3个，承担着大量的科研任务，成果显著。学校编辑出版的学术刊物《福建医科大学学报》、《福建医科大学学报（社科版）》、《中华高血压杂志》和《心血管康复医学杂志》等，面向国内外公开发行。学校图书馆面积25600平方米，图书、资料174万册，是福建省医学图书中心馆。
目前，学校正大力推进新一轮发展，努力建设为海峡西岸经济区建设服务的创新药物研究开发平台、基础医学研究创新平台、临床医学诊疗创新平台、公共卫生服务创新平台、医学实验动物服务平台和医学创新人才培养平台等六大平台，努力成为海峡西岸医药卫生人才培养中心、医学科学研究中心和医疗预防保健中心，跨入国内同类高校先进行列。
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