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集美大学水产学院的前身是厦门水产学院，系1972年上海水产学院南迁厦门而成立。1994年10月，集美学村原五所高校合并成立集美大学，厦门水产学院也并入集美大学，更名为集美大学水产学院。
集美大学水产学院现有水产学和生物学2个一级学科硕士学位授予点，水产养殖学、水生生物学、渔业资源学3个二级学科硕士学位授予点，农业推广（渔业领域）1个硕士专业学位点，水产养殖学、动物科学、海洋渔业科学与技术、动植物检疫等4个本科专业，其中水产养殖学专业为国家级特色专业建设点、水产养殖学教学团队为省级教学团队。福建省教改项目“水产养殖学本科实验实习教学创新体系建立和实践”获得福建省教学成果奖一等奖。2002年开始，有2位教授分别作为中科院武汉水生所和湖南农业大学的兼职博导招收培养博士生。目前正在建设水产学一级学科博士点。
学院现有专任教师83人，其中教授21人，副教授39人；具有博士学位的教师52人，硕士学位17人；在职攻读博士学位的教师9人，留学归国人员26人。兼职教师22人，其中双聘院士3人，闽江学者1人，客座教授18人。享受国务院政府特殊津贴专家4人，入选国家级百千万人才工程1人，入选省级百千万人才工程6人，福建省杰出科技人才1人，农业部有突出贡献中青年专家2人，省级教学名师1人，入选福建省高等学校新世纪优秀人才支持计划4人、厦门市拔尖人才1人；全国师德之星1人，全国先进工作者1人，福建省青年“五四”奖章1人，厦门市“五一”劳动奖章1人。
学院拥有国家级坛紫菜科技特派员创业链（基地）、鳗鲡现代渔业技术教育部工程研究中心、东海海水健康养殖农业部重点实验室、农业部大黄鱼遗传育种中心（建设中）、福建省坛紫菜种质资源库、福建省水产病害防治技术研发中心、水产科学技术与食品安全福建省高校重点实验室、水产科学与技术福建省实验教学示范中心、福建省水产学研究生教育创新基地、厦门市饲料检测与安全评价重点实验室、集美大学水域环境与渔业资源监测中心、集美大学水产试验场和16个校外产、学、研基地等一批学科平台，现有仪器设备总值2500多万元。
学院设有水产养殖学、渔业资源学、水生生物学、动物营养与饲料科学、水产生物病害防治等五个学科。其中水产养殖学、渔业资源学和水生生物学三个学科为福建省重点学科，动物营养与饲料科学为集美大学重点学科。近几年，学院承担的国家863计划项目、国家自然科学基金项目、省部级等各级各类科研项目220多项，在国内外多种学术刊物发表学术论文493篇，其中被SCI、EI、ISTP收录112篇；共获得16项国家、省、市级科技进步奖，其中国家科技进步二等奖1项、省级科技进步奖一等奖2项、省级科技进步奖二等奖3项。2006-2011年共申请国家发明专利23项，授权6项。主编、参编教材10多部。
学院紧紧围绕“培养学生创新精神和提高实践能力”的宗旨，不断推进学风建设。积极探索并不断完善以辅导员负责制、“学生导师”制、辅导员助理制为主的一套新形势下大学生政治思想教育工作新机制，高度重视和不断加强大学生党建和思想政治工作，开展丰富多彩的第二课堂活动，形成培育大学生良好人文素养、科学素质的氛围和环境。在“挑战杯”中国大学生创业计划大赛、全国大学生英语竞赛、大学生“三下乡”社会实践等活动中均取得较好成绩。历届毕业生深受社会和用人单位好评。
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