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中西医结合学院前身为现代医学部，成立于1988年。2005年3月，为适应学校高等教育发展及中西医结合事业发展的需要，我系更名为“中西医结合系”，于2010年3月学校成功更名为福建中医药大学之后，中西医结合系也更名为中西医结合学院。创办以来学院坚持社会主义办学方向，坚持以邓小平理论、“三个代表”、“科学发展观和“构建和谐社会”思想为指导，秉持“大医精诚，止于至善”的校训精神，在校党委的领导下，以培养德、智、体、美、劳全面发展、具有创新精神、高尚医德、较强的实践能力和团队协作意识的中西医结合新型实用性医学人才，为海西经济区和祖国医疗卫生事业的发展做出贡献作为学院办学的总目标。
历经20多年发展，学院有教职工92人，其中专任教师71人（其中高职称27人），硕士以上学历占78%，思政系列人员7人，教辅人员14人，专职行政管理人员3人。本学院设有：人体解剖学、生理学、西医诊断学、生物化学与分子生物学、组织学与胚胎学、病理学与病理生理学、生物学、免疫学与病原生物学和医学影像工程学等九个教研室；有解剖学系列实验室、机能学系列实验室、生物化学与分子生物学系列实验室、显微形态学系列实验室、西医诊断学实验室 和医学影像工程学实验室、中西医结合基础教学实验室等7个系列实验室。 学院还拥有人体解剖标本陈列室和病理标本陈列室；两个国家中医药管理局三级等级实验室（病理生理学实验室、分子生物学实验室）和各一个省级实验教学示范中心、省级特色专业和省级人才培养模式创新实验区；拥有中西医结合一级学科硕士点一个，中西医结合基础，病理学和病理生理学二级学科硕士点两个，招收有临床医学（放射治疗方向、生物工程方向、康复治疗方向）、中西医临床医学、医学影像学、生物医学工程共4个专业、7个方向的学生，学生规模近两千人。
二十一世纪是知识、信息经济时代，学院把“专管共用”和“规范化建设”作为实验系列建设的基本目标，并紧密围绕学校“十一五”发展规划和向“教学研究型”中医药大学转型的目标，积极开展教学科研、学科建设、人才培养，由纵向向横向发展。2006年，我校与台湾元培科技大学签署合作办学协议，两校之间强强联合，充分利用元培科技大学优质的办学条件，雄厚的师资和丰富的教学经验，创办了医学影像学专业，填补了国内、省内关于医学影像学技术学人才培养及联合办学的空白，迄今为止，学院共招收了4届医学影像专业两百多名学生。为进一步拓展办学专业，适应社会需求，2010年学院开始招收第一届生物医学工程专业学生。
教学理念：以学生为中心 以就业为导向
办学理念：强化人文 厚实基础 提升技能 融会中西
研究生专业设置
（一）中西医结合基础专业
中西医结合基础专业的研究方向包括：中医经络现代研究、中西医结合老年性疾病基础与应用研究、中医药防治肝炎脂肪肝研究、中西医结合防治代谢综合征病理生理学机制研究、中医药对运动损伤防治机理研究、血管新生及活血化瘀药物作用机理研究、中西医结合证的基础研究等多个研究方向，更有一批优秀的中西医结合基础研究人员为该专业的研究生导师，培养了多名深受用人单位欢迎的研究生。现承担国家级、省级科研项目多项，已有阶段性成果。
（二）病理学与病理生理学专业
病理学与病理生理学专业主要从事肿瘤病理基础与临床研究。学科依托福州总医院病理科、实验科，招收科研型及临床型病理学硕士生。拥有一批学术造诣、科研和教学经验丰富的教授、副教授，已培养多名研究生。学科试验室设备先进，可为基础与临床研究提供良好的研究条件。现承担多项科研项目，已有阶段性成果。
本科生专业设置
（一）临床医学专业（含放射治疗方向、生物工程方向、康复治疗方向）
临床医学专业，五年制，本科，授予医学学士学位，可报考临床类别医师资格考试（西医执照）。该专业培养德，智，体，美，劳全面发展的，能系统扎实掌握现代医学理论，知识，技能及中医基础知识，从事临床医疗，教学和一定科研工作的实用型人才。
（二）中西医临床医学专业
中西医临床医学专业，五年制，本科，授予医学学士学位。该专业培养面向基层的实践性，创新性，可持续发展的适应社会需要和医疗市场变化的实用型中西医结合医学人才。
（三）医学影像学专业
医学影像学专业（与台湾元培科技大学合办），四年制，本科，授予理学学士学位。培养具有理学基础知识，医学，医学影像学基础知识及医学影像学技术操作能力，能在医疗卫生单位从事介入放射学，医学成像技术及医学影像设备维修等方面工作的实用型医学影像技术学人才。
（四）生物医学工程专业
生物医学工程专业，四年制，本科，授予理学学士学位。培养适应社会经济发展需求的品德高尚、基础扎实、技能熟练，素质全面，具有一定医疗器械研发潜能的应用型生物医学工程人才。
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