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思想政治理论课教学科研部的前身是1994年夏季学校为进一步加强思想政治工作而成立的福建中医学院社会科学部（简称社科部）。这一时期，社科部各个教研室的教师经过一段时间的磨合，融为一支齐心合力的队伍，形成人文社会科学教学的新格局。教学与科研活动得到深入的开展，整支队伍的教学与科研的水平有了明显的提高，能够顺利地承担起中央提出的第二次高校思想政治理论课与思想品德课的课程改革任务。
1998年中宣部与教育部颁发了普通高校思想政治理论课改革新方案。根据中央的通知，我校从当年秋季开始，逐步把“中国社会主义建设”课程改为“邓小平理论概论”课，把“中国革命史”课改为“毛泽东思想概论”课，同时对本科生开设“马克思主义哲学原理”课和“马克思主义政治经济学原理”课；思想品德课则开设“思想道德修养”和“法律基础”两门课程。
2001年6月，学校整合医学教育和人文社会科学教育这两方面的教学资源，以医药学科为支撑，发挥科学与人文、医学与社会科学之间的学科交叉、渗透的优势，正式组建成立了公共管理系·社会科学部。根据《中共中央国务院关于进一步加强和改进大学生思想政治教育的意见》（中发[2004]16号）文件精神，从2006学年起全面实施“05”改革方案，在本科生中开设马克思主义基本原理概论、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想概论、中国近现代史纲要、思想道德修养与法律基础、形势与政策教育等5门必修课。同时在硕士研究生中开设《自然辩证法概论》，在博士研究生中开设《现代科学技术革命与马克思主义》。
2010年5月，为适应我校更名为福建中医药大学，以及学校定位由教学型向教学研究型转变的需要，根据省委机构编制委员会办公室的批复，专门设立思想政治理论课教学科研部（简称思政部）。思政部现有四个教研室：中国近现代史纲要教研室；毛泽东思想与中国特色社会主义理论体系概论教研室；思想道德修养与法律基础教研室；马克思主义基本原理概论教研室。专任教师23人，其中教授2人、副教授8人、讲师11人、助教2人。拥有独立的教师教学图书资料室、阅览室，可满足教学和科研的需要。
近年来教师出版学术专著3部，《邓小平历史观研究》获得福建省第五届社会科学优秀成果三等奖；参编国家规划教材《自然辩证法概论》等3部；2009-2010学年中标科研课题13项，其中省厅级以上课题6项，教育部人文社会科学研究青年基金项目1项、省社科规划合作项目1项；在学术刊物上发表论文29篇。《中国近现代史纲要》、《马克思主义哲学原理》被评为校级精品课程。
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