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我所原子与分子物理学科是国家重点学科，主要研究方向包括：原子、分子结构与光谱；原子分子碰撞；原子分子团簇结构与性质；材料的原子分子设计与合成；凝聚态相互作用势与物态方程；辐射场下的原子分子结构与光谱等领域，特别是含重元素（如Pu、U、稀士等）的化合物结构与性质，过渡元素3d壳层的结构、光谱和自旋共振以及复杂分子体系的铁磁现象研究，储氢材料的微观机理和光与原子分子相互作用，静高压、动高压技术，爆轰过程的原子分子过程研究与状态方程，以及激光技术等均有一定的优势，并取得很大的成绩。
我所长期与九院合作，其中二个联合所（与九院一所的联合所：高温高压物理研究所；与九院二所的联合所：原子与分子工程研究所）与高校的联合是院校联合的典范。
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