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源于华南农学院1958年成立的农业机械化教研室，1961年成立农业机械化系，1984年更名为农业工程系，1993年易名为工程技术学院，2001年更名为工程学院，具有悠久的办学历史、优良的办学传统和鲜明的办学特色。
华南农业大学工程学院拥有集农业工程、机械、交通运输和电气信息类专业为一体的学科群。拥有农业工程博士后流动站和一级学科博士硕士学位授权点，5个二级学科博士学位授权点；有“计算机应用技术”、“车辆工程”、“机械设计及理论”、“机械电子工程”和“模式识别与智能系统”硕士学位授权点、还有工程硕士学位和农业推广硕士学位授权点。农业机械化工程是农业部、广东省重点学科和国家重点（培育）学科。拥有10个本科专业，其中“农业机械化及其自动化”是国家级特色专业，“电子信息工程”、“交通运输”和“机械设计制造及其自动化”专业是广东省名牌专业。目前在校本科生达4245人，研究生270人。
学院拥有一支学术水平高、结构合理的师资队伍。现有教职工190人，其中中国工程院院士1名，教授24人，副教授42人，博士生导师13人，硕士生导师28人；教师中有博士学位的48人。担任国务院学位委员会学科评议组召集人2人次。广东省高等学校教学名师和国家级教学名师1人。农业机械学教学团队是国家级教学团队。广东省高校“千百十工程”培养对象14人，其中省级3人。目前承担包括国家“863”重大计划项目在内的一批科技项目，年度科研经费超过1000万元。近年来，在核心期刊上发表学术论文800多篇，其中SCI和EI收录153篇，出版教材及学术专著53部，获发明专利和实用新型专利51项，获省部级教学与科技奖10多项。
学院实验设备先进。拥有“南方农业机械与装备关键技术”省部共建教育部重点实验室、农业部重点开放实验室和广东省高等学校重点实验室，南方农业机械与设施和生物质能源工程实验室是中央与地方共建特色优势学科实验室，“电子信息工程实验室”是广东省高等学校教学重点实验室和中央与地方共建基础实验室，？ “机械工程训练中心”、“机械基础教学实验示范中心”和“电工与自动化工程实验示范中心”是广东省实验教学示范中心。“十五”和“十一五”期间，先后投入2000多万元建设实验室，现有实验教学仪器设备总值达 4678万元。建设了一批设备齐全、手段先进的校内外实习基地，为教学科研提供了良好的条件。
学院先后与英国Silsoe学院、Silsoe研究所，美国麻省州立大学、肯塔基大学、堪萨斯州立大学、俄克拉荷马州立大学，加拿大McGill大学，法国国立蒙彼利埃高等农业学院国家农业工程研究中心，澳大利亚昆士兰大学、悉尼大学，日本东京大学、山形大学，泰国宋卡王子大学等建立了学术交流和科研合作关系。
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