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广州医学院第三附属医院前身是广州市第二人民医院，创建于1899年，最早为美国基督教长老会创办的柔济医院，是广州地区一所综合性“三级甲等”医院。医院内设有设施一流的广州市妇产科研究所、广州市重症孕产妇救治中心，医院是国家级爱婴医院、省百家文明医院和广州市文明医院。2006年1月，广州市第二人民医院变更为广州医学院第三附属医院，同年底成立广州医学院第三临床医院。
医院座落在广州市荔湾区，毗邻风景秀丽的荔湾湖，有各级卫生技术人员970多人，其中副高以上职称140多人，硕士生导师20人，博士生导师2人，博士硕士70多人，享受国务院特殊专家津贴1人，日平均门诊量3000多人次，编制床位700张，拥有一批先进的医疗设备如核磁共振、螺旋CT机、ECT机、DSACRDR、全国首台第三代电磁导航系统多功能等离子刀、彩色心脏腹部B超、四维彩色B超、子宫内膜微波治疗仪、体外震波碎石机、腔镜系列手术及检查系统、小肠镜超声内镜、中央心电监护系统等，总值逾2.4亿元，充分适应现代临床诊治与医学研究发展的需要。
目前，医院的各专业门类设置较为齐全，设有18个临床一级科室，开设专科门诊90多个，专家门诊120多个。妇产科是广东省卫生厅特色专科，广州市卫生局确立的重点专科，同时也是广东省确认的广州医学院妇产科硕士研究生点组长单位。
广州市妇产科研究所设施一流，主要从事妇产科疾病诊疗、辅助生殖技术、HLA（人类白细胞抗原）与器官移植、遗传学检查及产前诊断等的工作。开展的围产医学、遗传优生、人类生殖研究已跨入国内先进水平，是经卫生部批准可以开展人类辅助生殖技术的广州最早的两家医院之一。
法医物证司法鉴定所2004年成立，是经司法部核准具有法医物证鉴定资格，鉴定结果具有法律效力，面向社会提供服务的司法鉴定机构。进行的业务有个体识别、亲子鉴定（包括胎儿）、性别鉴定、种族和种属认定等，使医院成为广州市第一家具有司法物证鉴定资格的医疗机构。
广州市政府实施《中国21世纪议程广州行动方案》优先发展项目──“广州市重症孕产妇救治中心”于1998年成立并设在我院，主要负责广州地区、邻近地区甚至更远城市重症孕产妇的救治工作，为降低广州地区孕产妇死亡率和新生儿死亡率作出了贡献。
妇产科、骨外科、心血管内科、器官移植科是医院的重点专科。骨外科拥有世界先进的第三代电磁导航手术系统、等离子消融等设备，微创骨科是其特色。医院肝肾移植技术均获得广东省医学会授予A级资格，已成功开展卵巢移植、肾移植、肝移植、骨髓移植、角膜移植、心脏移植、肺移植等先进的高难度手术。医院新住院大楼启用使医疗环境大幅改善，医院竞争力得到提升，具有一百多年悠久历史的医院正以崭新的姿态，为羊城医疗卫生事业谱写动人篇章。
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