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南方医科大学基因工程研究所是以生物化学与分子生物学学科为基础，以生物芯片高新技术的研究为主攻方向的研究所。
该学科 2000 年获得教育部博士点， 2001 年被评为中国人民解放军生物芯片重点实验室， 2002 年为全军二十所重中之重实验室之一， 2004 年被评为广东省生物芯片重点实验室，目前是华南地区最具规模的生物芯片研究中心，在国内生物芯片研制研究的技术上处于领先地位。
本学科近五年来共承担国家、军队及省市科研项目 16 项，教学课题与国家继续教育项目 4 项。发表学术论文 150 余篇（其中 SCI 收录论文 30 篇），教学论文十余篇。主编专著 7 部，副主编专著 2 部；主编教材 1 部、副主编 2 部与参编教材 5 部。申请了 8 项国家专利，其中两项已获得专利证书。获得 2003 年度广东省科学技术一等奖及 2003 年度中国人民解放军科技进步一等奖各一项。 2003 年还获得广东省高校现代教育技术 "151" 工程 -- 生物化学与分子生物学资源库的立项资助。
2004 年被评为广东省生物芯片重点实验室。骨干教师先后获军队院校育才奖银奖 3 次、学校教学成果一等奖 1 项、二等奖 2 项、学校教学优秀一等奖 2 项、二等奖 2 项。培养了硕士、博士及博士后共计 60 余人，其中广东省南粤优秀研究生 2 人，先后有 4 位研究生获院士奖学金二等奖； 10 位研究生获院士奖学金三等奖。举办了三期国家级继续教育项目，为广东省市 CDC 等机构培养了掌握基因芯片与基因诊断技术等分子生物学实验技能的专业人才近百人。
本学科所开展的生物芯片研究，既具有重要的理论意义，对生命科学、临床医学、新药筛选、中药现代化等多学科领域具有辐射和带动作用；同时也具有广泛的应用前景，为临床基因诊断、病原体快速检测、遗传性病症的早期检测与优生优育，农业病虫害检测、食品检疫、环境监测等领域的研究提供了强有力支持，并起到重要的推动作用。
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