新疆农业大学食品科学学院创建于1990年。当时为了适应新疆大农业的发展形势，促进新疆得天独厚的资源优势向经济优势转化的背景下成立的新疆农业大学食品科学系,2003年更名为食品科学学院。

经过近二十年的不断发展，学院现拥有一个食品科学与工程本科专业(于2007年批准为自治区重点专业)，包括食品生物工程、食品质量与安全、农畜产品加工和农产品贮运与包装等四个专业方向；学院设有食品微生物、农畜产品加工、食品化学、农产品贮运四个实验室，其中农畜产品加工实验室是校级重点实验室。学院实验室面积1300平方米，其中标准化实验室5间，另有多媒体会议室、资料室、计算机室、开放实验室等硬件设备。一个硕士学位授权点：食品科学（研究方向涉及食品加工理论与技术；农产品深加工及综合利用；果蔬产品加工、贮运、保鲜理论与技术；天然生物活性物质与功能食品的研究开发；食品资源的开发与利用；食品生物技术；食品与化妆品微生物；食品化学与营养等）。学院是新疆食品科学研究会常务理事单位。

我院的科研工作得到全院广大教师的高度重视，正在全面推进，2007年我院申报各类科研课题共34项，有18项通过了立项批准，其中：自治区科技厅重点项目2项，主持课题8项；国家科技攻关计划课题1项；自治区教育厅课题3项；同时有4项科研课题通过上级主管部门的验收鉴定，发表学术研究论文100余篇；现在全院共有在研课题27项。同时面向社会承担相关领域的科研开发、中试、工业化生产设计、技术咨询、培训、推广等服务项目，并与区内数家著名企业签订了长期的科技合作协议，已实现技术转让20余项，企业开发项目多项。

多年的教学改革与建设，我院形成了“以培养高素质的应用型人才为目标，以强化学生的实践动手能力为主线，坚持强素质、后理论两个基本原则，突出理论与实践、教学与研究、培养方向与企业用人相结合三个重点”的办学思路；并且“以本科教学为主，以研究生教育为辅的教学特色。

学院在多年的发展过程中，与许多国内外知名企业和院校形成了良好的合作与交流关系。目前学院拥有10个教学实习基地，如：中粮新疆屯河有限公司、新天国际葡萄酒业公司、新疆天润乳业生物股份有限公司、新疆佳雨肉食品有限责任公司等企业，能够满足我院各专业方向实践教学的需求，并承担着本专科、研究生、研修生的教学实验。

我院现有在校本科生716人，硕士研究生77人，招生量在逐年扩大，毕业生以工作扎实，动手能力强而获得社会的高度赞誉和评价。