石河子大学药学院药学专业创建于1953年，是新疆第一个药学专业教育基地。学院历经新疆军区卫校药学教研组、兵团医专药学教研室、石河子医学院药学系，2001年4月成立石河子大学药学院。2005年11月，与北京大学药学院签署了全面合作协议，北大药学院对口支援石河子大学药学院。

目前，学院设有3个系、1个教学实验中心、1个教育部重点实验室（新疆特种植物药资源）、1个中央与地方共建特色优势学科实验室（制药工艺）、3个办公室、1个图书资料室。拥有“药学”一级学科硕士点、“药理学”硕士学位点和“制药工程”专业学位硕士点；拥有自治区重点学科1个，自治区精品课程1门；校级特色专业1个、教学团队1个、人才培养模式创新实验区1个、一类课程5门、精品课程1门。现有药学和中药学本科专业2个、临床药学专业（方向）1个，并设有药学专业的高等职业教育与成人教育，形成了研究生教育、本科生教育、高职成人教育等多层次多形式的办学格局。

学院现有教职工48人，专任教师36人，其中“绿洲学者”2人，兵团学科带头人2名，校“263”人才培养骨干教师4人；教授8人，副教授13人；博士生导师4人，硕士生导师12人；博士（含在读）18人，40岁以下青年教师均为硕士以上学历。学院面向全国19个省区招生，现有在校生742人，其中本科生619人，研究生123人。本科毕业生就业率连续多年保持在90%以上，涉及医药生产、检验、管理、流通、营销等领域，就业前景喜人。

学院拥有良好的教学、科研条件。有药用植物园和中药标本室各1个，标准化实验室37个，总面积约3000m²，拥有气相色谱仪、液质联用色谱仪、热分析仪、高效制备液相色谱仪、脑微透析仪等主要大型仪器设备总价值1800余万元。拥有新疆药物研究所、华士丹药业有限公司、兰州军区乌鲁木齐总医院、石河子大学医学院一附院等校外教学实习基地十余所。

学院始终坚持为新疆及兵团经济建设和社会发展服务的理念，以“新疆特种植物药资源”教育部重点实验室为平台，在“新疆药用植物资源与物质基础研究” 、“新疆特种植物活性成份筛选与作用机制研究”、“新疆特种植物药新剂型与质量控制研究”三个方面形成了研究特色，在新疆甘草、肉苁蓉、白刺、红景天、棰果藤、橐吾等新疆特色中药材的研究方面取得了较大成果。近年来，学院先后承担了国家“973”前期预研项目2项、国家重大新药创制科技重大专项1项；承担国家“863”项目、国家自然科学基金项目、教育部项目、省部级科技项目、兵团博士资金项目等53项，以及多项校级科研项目以及企业横向联合项目。获省部级科技进步奖6项（其中，二等奖3项、三等奖3项），发表科研论文400余篇，其中SCI收录16篇；获校级教学成果二等奖4项、三等奖2项，教师编写和出版教材、实验指导书20余种，发表教学研究论文60余篇。

2011年是石河子大学“十二五”规划的开局之年，药学院正以“211工程”重点学科建设为契机，以科学发展观为指导，以转变观念为先导，以学科建设为龙头，以加强师资队伍建设为重点，以提高教育教学质量为核心，以增强科研实力为支撑，以完善硬件建设为基础，以改革创新为动力，使规模、结构、质量、效益协调发展，为把我院建设成为区内先进、西部一流、全国知名的有特色高水平药学院而努力奋斗!