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一、中国科学院西北分院筹备委员会（1953.07—1957.05）
1949年，中央人民政府政务院即派出西北科学考察团，对西北地区的科学事业和发展状况进行考察。
1953年，甘肃省委宣传部部长吴文麟、陕西省委书记张德生、中共西北局书记习仲勋分别致函中国科学院党组书记兼副院长张稼夫，建议成立中国科学院西北分院。
1953年7月，中国科学院向中央人民政府政务院建议：“西北是国家建设的重要基地，但工业基础很差，科学遗产很少，大部分地区均属空白区，连最基本的科学资料也没有，因而在国家建设上造成不少困难。为了配合国家经济建设的开展，中国科学院在西北筹建科学研究机构是非常需要的。”中央人民政府政务院于1953年12月30日批复：“同意中国科学院‘关于筹备建设中国科学院西北分院的意见’ [（53）政文习字第43号文]”，并批示：“由中国科学院和西北行政委员会共同开展工作。”
筹备工作开始时，地址设在西安市解放路西京招待所。
1954年7月16日，西北分院筹委会在西北行政委员会会议大楼会议室召开了第一次会议，宣布西北分院筹委会主任委员由张德生(中共中央西北局委员、西北局统战部部长)担任；副主任委员由辛树帜（西北农学院院长兼）、盛彤笙（西北行政委员会畜牧局局长、留德兽医博士）、董杰担任。由中国科学院院长郭沫若聘请十六名西北地区各高等院校著名专家、学者担任西北分院筹委会委员。
1954年7月17日，西北分院筹委会召开第一次全体委员会议，研究组织机构、基本建设，调查西北地区科学工作等问题。会后，筹委会搬迁到西安市建国路仁爱巷7号。
1954年8月，西北大区撤消，西北分院筹委会的党政关系移交陕西省委和陕西省人民政府管理。
1956年4月西北分院筹委会迁往兰州（1958年7月29日，经中国科学院第九次院务委员会议研究决定，中国科学院西北分院筹委会更名为中国科学院兰州分院）。为适应国家在陕西地区发展科学事业的需要，根据中国科学院的指示和陕西省委的意见，西北分院筹委会搬迁兰州的同时，在西安市建国路仁爱巷7号设立了中国科学院西北分院筹备委员会西安办事处，编制20人，实际人数13人，规格为地师级，负责人为梁得柱。
二、中国科学院西安办事处（1957.05—1958.04）
根据中国科学院1956年12月召开的分院座谈会的意见，为了提高效率，加快科研事业的建设速度，1957年3月，经陕西省委决定，成立“中国科学院西安办事处”。西安办事处的行政业务直接由中国科学院领导，党的关系由陕西省委管理；规格为地师级单位。办公地址仍在西安市建国路仁爱巷7号。
三、中国科学院陕西分院（1958.04—1962.09）
1958年，根据中共中央成都会议精神，为了适应工农业生产大跃进的形势和国防建设的要求，中国科学院协商陕西省委于1958年4月11日决定：成立中国科学院陕西分院。
1958年4月27日，中国科学院在西安举行了500多人参加的陕西分院成立大会。
1958年5月19日，中国科学院通告：“兹经1958年4月30日院务常务会讨论，经国务院科学规划委员会批准，同意成立中国科学院陕西分院。原中国科学院西北分院即行撤销[院厅科字（58）192号文件]。”赵守一（中共陕西省委书记）任中国科学院陕西分院院长，崔哲任中国科学院陕西分院党组书记。
陕西分院规格为地师级。院务委员会由24名委员组成，设院长1人，副院长5人，正副秘书长各一人。
陕西分院机关设五个处室：办公室、人事处、器材处、行政管理处、基建办公室；另外还管理一个工厂：中国科学院陕西分院机械仪器修配厂。
陕西分院协助中国科学院管理的单位有38个，初步创造了研究所的物质条件，开展了一定数量的研究课题。三年自然灾害，特别是中苏关系破裂，致使许多项目被迫下马，大批人员被调整到大专院校和企事业单位的基层。陕西分院也深受其累，下属各所有的被撤销，有的被拆散，有的交给高校，有的被合并。保留下来的仅有中国科学院西北生物土壤研究所、中国科学院西安精密机械加工研究所、西北生物土壤研究所西安植物园、西安计算技术研究所、西北化学所等五个单位，后交中国科学院西北分院管理。
1962年4月，中国科学院协商西北局、陕西省委，决定撤消中国科学院陕西分院。1962年9月1日，陕西分院正式停止对外办公。
四、中国科学院西北分院（1962.09—1970.07）
1962年，我国处于国民经济最困难的时期。中央提出“调整、巩固、充实、提高”的八字方针。根据当时的形势，中国科学院与西北局商定：撤消陕、甘、宁、青四省（区）的分院，以中国科学院兰州分院和中国科学院陕西分院为基础，成立中国科学院西北分院。考虑到新疆地区偏远，少数民族多而集中和资源丰富，保留了新疆分院的建制，归属西北分院领导。
1962年4月9日，中国科学院在兰州同时为中国科学院西北分院和西北局科学技术委员会（以下称西北局科委）举办了成立大会。参加会议的有中国科学院在西北地区的直属研究所和大区重点研究所的领导干部、科学家、科技人员代表；新疆分院、陕西分院、兰州分院的领导干部，共70人。西北局书记处书记王林同志在会上讲了话；国家科委、西北局宣传部和西北局科委的负责同志出席会议并作指导。西北分院负责同志分别传达了“广州科学会议”精神和周恩来总理、陈毅副总理的讲话。中国科学院秘书长郁文同志参加了会议，作了讲话，并和中共西北局研究了西北分院的设置、人员精简等事项，对今后的科研工作任务提出了建议。在这次会议上，正式宣布了成立中国科学院西北分院的决定。西北分院地址在兰州市盘旋路宁卧庄。
1962年12月下旬，中国科学院与西北局和陕西省委商定：西北分院迁至西安市南郊边家村。1963年元月1日，西北分院正式对外办公。时逸之任党组书记兼院长，徐劲 、董杰任副院长。1964年后，按中央精神，中科院西北分院成立中共西北分院党委，建立政治部，时逸之任党委书记兼院长，陈舜瑶（时任中共西北局宣传部副部长）任党委副书记兼政治部主任，黄华青任党委副书记兼副院长，徐劲、华寿俊任副院长。
西北分院迁至西安后，由于在兰州的中国科学院所属单位较多，西北分院在兰州市盘旋路宁卧庄设立了“中国科学院西北分院兰州各所公共事务管理处”，其主要职能是为兰州的中国科学院各研究单位提供水电暖卫、环境管理、维修等服务。
文革初期，中国科学院西北分院党政领导班子和组织机构运转正常。“大串联”开始后，群众组织相继成立，原有的科研秩序被冲破。
1970年7月15日，中国科学院下文：“经国务院批准，同意撤销我院各大区分院。分院人员及所属单位由所在省市负责安排处理[（70）科字第19号文件] ”。
五、西北分院留守组（1971.05—1978.10）
1971年5月，西北分院正式被撤消，成立了西北分院留守组，先后于1971年9月、1972年9月、1973年8月、1976年6月，分别将人员、房屋、财产、物资等移交给陕西省科技局、陕西省地震局和甘肃省科技局。
六、西安分院、陕西省科学院(1978.11—)
1978年11月，中国科学院根据新形势的需要，经协商陕西省委省政府报请国务院批准：成立中国科学院西安分院，地址设在西安市小寨东路3号；2003年3月，地址迁往西安市咸宁中路125号。
1978年2月28日，陕西省科学技术委员会向陕西省委报告，为了贯彻落实《中共中央关于召开全国科学大会的通知》精神，加强对我省综合性科学单位的领导，需尽快成立省科学院，负责管理原省科技局领导的（包括中国科学院在我省的双重领导单位）和即将成立的科研单位，并正式向陕西省委省政府提出成立陕西省科学院的请示[陕科党发（78）009号文件]。1978年3月18日，中共中央召开“全国科学大会”。1978年4月30日，陕西省科学院成立，与中国科学院西安分院合署办公，实行“一套机构，两块牌子”的运行机制。
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