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该学科是在内蒙古农业大学生物工程、食品工程、生物技术、生物科学和制药工程五个本科专业多年教学科研的基础上成立的，于2003年正式被批准为硕士学位授权点，2004年开始招收硕士生，现有在校研究生21名。
发酵工程硕士点是内蒙古自治区发酵工程学科唯一的硕士学位授权点。现有硕士生导师4人，3名成员具有教授职称，1人具有副高职称，学历层次较高，2名博士，1名硕士，1名学士，其中1人为博士生导师，人员素质较高，而且正在逐步培养和吸收年轻高学历的教师，形成年龄和学历梯队。现有的导师既有扎实的理论知识基础，又有丰富的实践经验。
目前发酵工程硕士点已确立4个研究方向：
（一）动物细胞工程：动物干细胞机体内正常生理状态及体外培养模式的研究。
（二）发酵工程技术应用：从菌种、工艺控制及发酵设备等方面研究发酵技术的实际应用。
（三）微生物生理与发酵工程：研究微生物的生理特性，代谢途径及发酵过程中的生理条件。
（四）发酵产物分离与分析：研究发酵原料、中间物、产物的性质特征及数量特征，依据相关理论建立其科学可行的分析与分离方法。
近年来，通过多方努力，分别承担了“林木菌根菌剂生产及其应用技术研究”、“达里淖尔自然保护区珍稀鸟类栖息环境?湿地生态系统的保护与可持续利用研究”、“内蒙古西部土生空团菌(Cenococcum geophilum Fr.) 基因多样性及其优良菌株的筛选”、“沙棘野生酵母生态分布及发酵机理研究”、“S. luteus液体发酵工艺及生理特性的研究等课题”；发表了《沙棘果上天然酵母菌的发酵特性研究》、《有机磷农药的快速气相色谱测定》、《气相色谱法同时快速测定青贮饲料中的挥发性脂肪酸（VFA）及乳酸》、《Letter to the editor “Rank stability or temporal stability”》、《浑善达克沙地不同植被下的土壤水分状况》、《运动电磁场的麦克斯韦方程组》、《Research Progress on Cultivation Physiology of Potato in China》、《栗钙土硬度的协变性与空间秩序稳定性》等论文。近期又和五原县人民政府及内蒙古金川保健啤酒高科技股份有限公司横向协作，课题为“甜高粱秸秆燃料乙醇发酵”，“高效啤酒酵母菌菌种筛选和诱变”等项目正在进行中。
发酵工程是生物工程的重要组成部分，处于生物技术的中心地位。绝大多数生物技术的目标都是通过发酵工程来实现的。现代发酵工程是建立在发酵工程理论基础之上的现代发酵工业，是将传统发酵技术和现代DNA重组、细胞融合等技术合并发展起来的现代生物技术，并通过现代化学工程技术，实现工业化生产的体系。涉及：食品、饲料、抗生素、有机酸、酶制剂、氨基酸、维生素、甾体激素、单细胞蛋白（SCP）等工业门类。
发酵工程由两个核心部分组成：第一部分涉及获得特殊反应或过程所需的最良好的生物细胞（或酶）；第二部分则是选择最精良的设备，开发最优技术操作，创造充分发挥细胞（或酶）作用的最佳环境。
随着内蒙古发酵工业近年来的高速发展，特别是生物制药、生物质能源、乳品工业、食品发酵工业等行业的发展，本学科所涉及的专业技术知识及培养的高水平人才就显得更为重要，客观上要求本学科要在近期有较快发展。
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