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基础医学部1997年12月筹备组建。1998年1月正式成立，并分别于 1998 年 6 月组建“形态学实验室”，1999 年 5 月组建“机能实验室”与“化学与生化综合实验室”。2001 年 12 月学院正式批准为基础医学部内设机构。1997 年 10 月，“基础医学学科”和“基础医学实验室”被省教育厅确定为省级重点学科建设项目和省级重点实验室建设项目，经五年建设，省教育厅专家组评估验收后于 2003年3月正式挂牌。基础医学部现任主 任耿排力教授，副主任冯伟力教授。
基础医学部是学院最大的部门，有1个基础医学部办公室、10个教研室、5个实验室共 16 个单位，有教职员工 84 人（其中教授 6 人，副教授 25 人，讲师 21 人）。基础医学部拥有硕学位授权点 2 个（医学免疫学、病理与病理生理学）。博士生导师 1 名、硕士研究生导师 6 名，享受国务院特殊津贴 2 人，全国五一劳动奖章获得者 1 人，全国师德先进个人 1 人、省级优秀专家 1 人，省级优秀骨干教师 5 人，小岛奖学金获得10人次，卓玛东智奖学金10余人次 。2000年10月经国务院学位委员会批准获硕士授予权 ，至今招收硕士研究生二十余名。现有省级重点课程 2 个（免疫学、病理学），院级重点课程 5 个（免疫学、病理学、人体解剖学、药理学、生理学）。共选送了 14 名教师到国外进修学习（法国，丹麦，日本等）。
近年来，基础医学部共承担国家自然科学基金 2 项，青海省重大科技攻关课题 1 项，人事部留学人员课题 1 项，教育部重点课题 3 项，院级科研课题 16 项。国家自然科学基金课题成果达到国内领先水平。
基础医学部以师资力量雄厚、治学严谨著称。基础医学部拥有一些国内较为先进水平的科研基地和实验技术平台，在学术队伍、科学研究、人才培养和学术声誉等四个方面的整体水平在全校前列。基础医学部十分重视国内外医学院校的交流与合作，注重借鉴先进的医学研究成果和教学经验，不断提高整体办学水平。2004 年以来有 50 余人/次参加国内、国际学术会议，先后与国外大学和国内 10 余所医学院校进行科研合作和学术交流，对推动我院科研上台阶、上水平起到了很大的促进作用。与国内外医学院校和科研机构开展项目合作研究、人员交流、合作举办学术会议等多种形式，已建立了广泛的密切联系。历经多年 的发展历程，现在的青海大学医学院基础医学部已成为以发展多层次基础医学教育、研究生教育为主要任务的教学、科研机构，每年累计授课超过约 29000 学时。
基础医学部将在学校党政领导下，主任耿排力，副主任冯伟力带领基础医学部全体成员全面贯彻党的教育方针和卫生工作方针。基础医学部全体教师正以饱满的热情，团结一致，齐心协力，求真务实，自主创新，争取在 “十五 ”期间使学院成为教学质量上水平，科研工作出成果，学科建设见成效，人才倍增的教学科研基地。岁月如梭，征程漫漫，展望未来，任重道远。面对我国医学高等教育千帆竞发、百舸争流的发展局面，基础医学部以科学严谨的学术作风院履行新时代教师的职责。同心协力、加快步伐为 21 世纪培养德、智、体全面发展的高层次人才作出贡献。
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