本学科于1986年成为药物化学硕士学位授权点，2000年评为重庆市重点学科。本学科与全国同类学科相比，在科研为经济建设服务，促进科技成果转化方面具有鲜明特色，在信息资源检索方面具有明显优势。

　　本学科1986年，研制成功扑热息痛生产新工艺，大大降低生产成本，使我国该原料药生产一直独占国际市场；1988年，在世界上率先研制成功抗溃疡药得乐固体原料，从而制备出得乐胶囊；1992和1996年，分别在国内率先研究成功我国的第一个抗骨质疏松药Etidronate Disodium（邦特林）和保健品melatonin（脑铂金）；2003年，研制成功抗菌前药甲硝唑磷酸二钠新工艺，简化了生产步骤和原料，总收率较美国专利提高10%，且将原工艺冷冻干燥改为加热干燥，大大降低能源消耗和生产成本。 以上成果均获卫生部与国家药监局生产批文，并全部转让。到目前为止，本学科共转让生产技术50项，为制药企业与经济发展作出了一定贡献。2003年以来，本学科主要立足重庆资源，本着实事求是的科学精神，致力于创新药物研究；目前正在研究具有自主知识产权的3个抗癌药，1个抗疟药，1个心血管药，1个麻醉药，相关系列发明专利将陆续提出申请。鉴于本学科对医药发展的贡献，3人被聘为国家药监局评审委员；重庆市药学会理事长、秘书长和一名常委由本学科人员担任。

　　本学科十分注重教学，为此进行了一系列改革，已构建起以药物化学为发展目标，包括《有机化学》、《药物合成》、《高等有机化学》、《光谱解析》、《药物化学》、《药物代谢化学》和《药物化学总论》等8门课程的课程群。其中，《有机化学》、《药物合成》、《光谱解析》和《药物化学》实施教师竞争上岗；为高年级学生开设的《药物化学总论》采用双语教学；为研究生开设的《高等有机化学》采用PBL模式；作为全国5年制和7年制有机化学统编教材编委等，主编和参编了《医用化学》、《有机化学》、《Organic chemistry》等书16本，其中主编2本，副主编4本。由此，本学科《药物化学》被评为重庆市重点课程，获得重庆市教学成果二等奖一项，市教委及学校奖多项，一名教师获重庆市优秀教师称号，二名青年教师得到市教委骨干教师资助。

　　学校对本学科发展寄予厚望。近两年投入设备建设经费800万元，构筑了较为完善的研究平台，实验仪器基本能满足本学科发展的需要。 本学科目前拥有国内药物研究最完善的信息资源系统，如新药研究与开发数据库13个（PharmaProjects、MICROMEDEX® Healthcare Series Databases　、MDL代谢数据库、、MDL 毒性数据库等）；化学反应类数据库6个（CA、Beilstein 、Chemical Reaction Databases等）；各种相关的药典、工具书和手册数据库15个；与药学相关并国外应用广泛的全文期刊数据库15个（等）；化学反应类数据库个（、、等）；各种相关的药典、工具书和手册数据库个；与药学相关并国外应用广泛的全文期刊数据库个（美国化学会全文数据库、英国化学会全文数据库、英国皇家化学学会现刊数据库、Springer　期刊全文数据库、Elsevier　期刊全文数据库、 Wiley 期刊全文数据库、、OVID 全文期刊数据库、Blackwell出版社网络期刊、OCLC 等）。

　　本学科现有教授4人（跨学科博士生导师4人），副教授9人，讲师8人，重庆市药学类学科带头人2名，重庆市教委中青年骨干教师资助计划获得者4名。　　本学科近5年获得3项国家自然科学基金课题资助，省部级课题 6项 ，厅局及校级课题10项。研究经费共计812万元。发表论文140篇，其中SCI文章16篇，授权发明专利5项。

　　近5年本学科点共招收博士研究生20名，毕业10名。硕士研究生60名，毕业30 名。2人获重庆市创新奖，4人在全国竞赛中获奖。毕业生供不应求，在工作岗位上受到用人单位好评，多人出国深造。