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重庆医科大学于1990年7月获生物医学工程硕士学位授予权。2002年3月，经重庆市教委批准，成立了重庆医科大学生物医学工程系。经教育部批准，2003年8月，获生物医学工程博士学位授予权（一级学科）；2007年6月获得了“生物医学工程博士后流动站”，标志着我校生物医学工程本科—硕士—博士—博士后完整的人才培养体系已经形成。
重庆医科大学生物医学工程系是在重庆医科大医学超声工程研究所的基础上发展起来的，实行系（所）一体化管理。2002年12月，研究所被国家科技部批准为“省部（重庆市—科技部）共建国家重点实验室”。2004年，经国家教育部批准，系（所）获教育部“长江学者和创新团队发展计划”创新团队称号。同时，该系（所）是“国际超声治疗学会秘书处”、“中国超声医学工程学会治疗委员会秘书处”的所在地。
该系（所）以超声治疗学及相关的医学、工程等交叉学科为研究领域，以超声治疗学为研究核心，初步建成了超声治疗领域学术、技术交流的平台，云集了一批多学科交叉、医工结合的科研队伍。目前，该系共有博士生导师7名，硕士生导师10名，教师专业涉及生物医学工程、肿瘤学、超声治疗学、电子学、计算机学、材料学、机械学等。已培养硕士研究生62名、博士研究生27名、博士后5名，在校本科生256名、硕士研究生55名、博士研究生6名、博士后5名。经过多年的发展，形成稳定的科研方向，包括超声治疗的应用基础研究、超声治疗的临床研究、医学信号和图像处理、胚胎与肿瘤的同源性研究等。
20年来，系（所）潜心于“高强度聚焦超声（HIFU）技术”的工程理论与临床研究，解决了阻碍HIFU无创治疗技术发展的难题，即HIFU在组织内聚焦规律及剂量学等，首次提出“生物学焦域”概念等理论。通过对HIFU治疗系统的优化、生物学效应研究、治疗剂量研究、组织声环境以及改变组织声环境研究等，初步建立了超声治疗的基础理论体系。
1997年12月，其研制的具有我国自主知识产权的大型医疗设备“高强度聚焦超声肿瘤治疗系统”（海扶刀）正式运用于临床。迄今为止，“海扶刀”已在全国30余家大型医院投入使用，并远渡重洋落户英国、日本、韩国、新加坡等，成功治疗了各类实体肿瘤患者1万余例。2005年6月28日，“海扶刀”取得了德国莱茵技术总公司颁发的欧盟（CE）认证。这是迄今为止世界唯一获得该项认证的超声监控的体外聚焦超声治疗设备，也是我国原始创新性大型医疗设备首次通过CE认证。
2002年8月，聚焦超声妇科治疗仪（海极星）研制成功并投放市场。全新的技术及概念，独特的疗效，对攻克妇科顽症—外阴白色病变、慢性宫颈炎等疾病开辟了一条新的治疗途径。迄今为止，“海极星”已在全国500余家医院投入使用，数20万例临床病例证实，“海极星”有效率平均高达95%以上，疗效显著。
近年来，该系（所）先后承担了80余项国家和地方科研项目，包括国家自然科学基金委重点项目、杰出青年基金项目及多个面上项目，国家“九五”重点科技攻关项目，教育部创新团队发展计划项目等国家级项目40项，在国内外刊物上公开发表学术论文400余篇，其中SCI论文30余篇，主编了《实用超声治疗学》，参编了第四、第五版《超声医学》HIFU篇章、《现代介入性超声诊断与治疗》。
已获2000年国家技术发明二等奖、“九五”国家重点科技攻关重大科技成果等、2000年重庆市科技进步一等奖、2005年重庆市技术发明一等奖等。获国际专利7件，国内专利11项。2001年5月，首届“HIFU在医学中的应用国际研讨会”在中国重庆召开，并由重庆医科大学主办。
在中国重庆的带动下，世界范围的超声治疗学专家对超声无创治疗技术的研究正在深入开展。英国牛津大学、美国哈佛大学等世界一流大学和研究机构的纷纷介入，让我们看到超声医学工程技术及临床应用的黄金时代即将到来。
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