自动化学院拥有控制理论与控制工程、检测技术与自动化装置、系统工程、机械电子工程4个硕士学位授权专业及控制工程、工业工程2个全日制专业硕士学位和工程硕士学位授予权，其中“控制理论与控制工程”、“检测技术与自动化装置”为重庆市重点学科。建有教育部网络化控制与智能仪器仪表重点实验室、重庆市高校汽车电子与嵌入式系统工程技术研究中心等五个省部级科研基地。与国外10余所大学和研究机构共建七个国际合作研究机构，联合进行科学研究和研究生交换；和6所国内著名重点大学联合培养博士研究生。建有“中韩（重庆）嵌入式软件和系统研发中心”、“中韩（重庆）传感器网络研究中心”、“中欧智能系统与机器人联合实验室”等与中科院沈阳自动化所、中国四联集团等著名单位联合建立“工业通信技术研发中心”、“四联-重邮联合研发中心”等产学研合作平台。

　　自动化学院是我校科研实力最强的学院之一，获得第一批重庆市高校创新团队和第一批优秀教学团队称号。师资队伍中现有博导5人、高级职称43人、博士26人、IEC专家3人。近年来，学院获得20余项国家级项目、50余项省部级项目的资助，累计科研经费近亿元；申请或授权发明专利30余项；获省部级以上科研奖励18项；发表学术论文500余篇（三大检索150余篇）。

　　学院在国家863计划、国家重大科技专项等一系列国家科技计划的支持下，取得了一系列重大科技成果，部分成果处于国际前沿。参加制定的“EPA标准”成为我国工业自动化领域第一个拥有自主知识产权的现场总线国际标准，被评为“中国标准创新贡献奖”一等奖；“支持生产设备集成运行的网络化制造系统及支撑技术”获国家科技进步二等奖；“新一代控制系统高性能现场总线--EPA” 已分别通过2009年度国家发明二等奖答辩；“流程工业现场总线核心芯片、互操作技术及集成控制系统开发”已分别通过2009年度国家科技进步二等奖答辩。