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大气物理学院成立于2008年8月，其前身为我国著名的大气物理学家王鹏飞教授于1960年创建的南京气象学院大气物理学系。现设有大气物理系、大气探测系、雷电防护科学与技术系、中国气象局大气物理与大气环境重点开放实验室等教学、科研机构。学院现有大气科学（大气物理学方向）、大气科学（人工影响天气方向）、大气科学（大气探测方向）和雷电防护科学与技术等4个本科专业（方向）。学院现设有大气物理学与大气环境、大气遥感科学与技术和雷电防护科学与技术3个博士和硕士学位授予点，其中大气物理学与大气环境学科硕士学位授予点于1981年设立， 1998年获博士学位授予权，2002年被评为江苏省“十•五”重点学科，2005年被评为江苏省国家重点学科培育建设点，2006年被评为江苏省“十一•五”重点学科。大气探测1998年被评为中国气象局重点学科，雷电防护科学与技术2007年被评为校级特色专业。
学院拥有一支年富力强、专业水平较高的师资队伍，现有专任教师 41人，其中具有博士学位教师约占70%。有2名教授被评为江苏省普通高校优秀学科带头人，有3名教师被评为江苏省青蓝工程、“333人才工程”培养对象。获“江苏省高校优秀学科梯队”和“江苏省高校优秀科技创新团队”等称号。
学院现有生923人，硕士和博士研究生350人。在过去的近50年里，学院各专业共为国家和地方培养了1644名本科生和435名研究生，很多毕业生成为国家和地方各级气象部门的业务骨干和管理专家，有相当数量毕业生已是气象领域的知名学者和杰出专家。2006年以来，本科生就业率均达到100%，其中高质量就业率达到95%以上，升学率40%左右。毕业生主要在气象、环境、资源、海洋、防灾减灾、部队、民航等部门从事科研、业务、教学或行政管理工作。
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