2004年原南通医学院、南通工学院、南通师范学院组建南通大学，原南通医学院分设为南通大学基础医学院、临床医学院等院系，2006年9月，原南通大学基础医学院和临床医学院合并组建南通大学医学院。回顾近百年的办学历史，南通大学医学院续衍着悠久而厚重的文化底蕴，谱写着光辉而艳丽的育人篇章、秉承着“祈通中西，以宏慈善”的人文精神。

　　学院设有人体解剖学教研室、组织学与胚胎学教研室、生理学教研室、病理学教研室等11个基础医学教研室，设有诊断学教研室、外科学总论教研室、内科学教研室、外科学教研室、妇产科学教研室、儿科学教研室等20个临床医学教研室及医学信息学、医学人文学教研室，设有基础医学教学实验中心（人体解剖学实验室、机能学实验室、生命化学实验室、形态学实验室、药学实验室）及临床医学教学实验中心（诊断学实验室、外科学总论实验室、临床教学综合实验室、HIS模拟实验室），设有12个研究所和研究室（眼科研究所、骨科研究所、消化病研究所、肾脏病研究室、医学遗传与生殖研究室、皮肤性病学研究室、基础医学研究中心、神经生物学研究所、神经免疫学研究所、食品药品毒理药理研究室、免疫学研究室、南通大学数字医学研究所）。

　　学院现有江苏省高校国家重点学科培育点1个、省级重点学科4个、江苏省高校建设重点学科1个、省级“十大临床医学中心”1个、省级“135”医学重点学科2个、省级“135”医学重点建设学科2个、江苏省临床医学重点专科12个、江苏省优秀学科梯队2个、江苏省优秀科技创新团队1个。省一级学科博士学位授权建设点1个，二级学科博士学位授权建设点8个，人体解剖学与组织胚胎学已依托苏州大学联合培养博士，有2个一级学科硕士学位授权点、27个二级学科硕士学位授权点。

　　近五年来，我院承担市级以上科研课题265项，其中承担国家级科研项目31项，部省级科研项目85项，市级课题173项；获市级以上科研成果奖206项，其中，国家科技进步三等奖1项，省科技进步奖8项，省级科研成果奖57项，市科技进步奖143项。学院以第一作者单位发表SCI论文210余篇。学院协办《中华医学教育杂志》，是《中国高等医学教育》的会员单位。

　　 学院重视对外交流与合作，已与美国、日本、德国、澳大利亚、印度、巴基斯坦等国家的医学教育、医疗卫生和科研机构建立了双边合作、学术交流关系，聘请了一批知名专家、学者担任学院名誉教授、客座教授。同时，学院也先后派出了百余名教师出国交流访问、留学进修。

　　 学院有一支教学经验丰富、医疗技术精湛、学术水平较高的师资队伍。，现有正高职156人，副高职221人，另外还有一大批兼职教师；博士生导师10人，硕士生导师198人。学院教学条件优越，教学科研仪器设备精良，能满足基础医学与临床医学各专业的教学科研工作需要。现有供各专业临床教学和毕业实习的附属医院 16所，教学实习医院53所。

　　 学院现有临床医学、口腔医学、医学影像学、医学信息学、康复治疗学、药学等6个本科专业。临床医学专业为国家级特色专业建设点、江苏省品牌专业建设点，医学影像学专业为江苏省特色专业建设点。

　　 目前我院全日制在校生4024人，其中博士生21人、硕士生研究生619人、留学生271人、全日制本专科生3113人。在长期的办学实践中，秉承张謇先生“祈通中西，以宏慈善”的教育思想，强调对学生的基础理论和创新能力的培养教育，注重人文知识教育，拓宽学生的知识面，大力加强学生的实践教育，培养学生的动手能力。学院的毕业生素以基础扎实、实践能力强、勤奋实干而著称。毕业生遍及全国各省市，为我国的医疗卫生事业作出了贡献，受到了社会的肯定和广泛的赞誉，他们中的一大批人已成为医疗、科研、教学和管理的中坚。