长期以来，在校党政领导的领导下，在全体教职工的共同努力下，学院得到了长足的发展。第一临床医学院现设有中医内科学教研室（中医内科学研究所）、中医急难症研究所（内科难治病瘀热病机重点研究室）、中医外科学教研室（中医皮肤病学、中医肛肠病学、男科学研究所）、中医妇科学教研室、中医儿科学教研室（中医儿科学研究所）、中医骨伤科学教研室（中医骨伤科学研究所）、中医眼科学教研室、中医耳鼻喉科学教研室、外科学教研室、内科学教研室（中西医结合临床研究室）、诊断学教研室、医学影像学教研室、全科医学教研室、教学实验中心（大学生急救训练中心）、临床医学实验研究中心共15个教研室和研究所、中心，并有1个为教学、科研服务的百草堂中医门诊部。除此之外还有中医药抗肿瘤研究所挂靠于中医内科学教研室，周仲瑛名医工作室挂靠于中医急难症研究所。

　　 第一临床医学院秉承南中医悠久的人文传统，深邃的学术思想和深厚的文化底蕴，顺应中国经济发展与中、西医发展的潮流，开拓中、西医临床学科全面发展的教育格局。有中医内科学、中医外科学、中医妇科学、中医儿科学、中医骨伤科学、中医五官科学和中西医结合临床7个博士点、7个硕士点，08年新增中西医结合内科、中西医结合外科、中医全科3个自主设置的学位点，中医和中西医结合2个博士后科研流动站。博士、硕士点覆盖所有中医临床二级学科，能接受中医和中西医结合临床各专业方向的博士后科研流动人员。学院现有中医学（中西医结合）七年制、中医学七年制、中医学五年制、中西医临床、眼视光学五个专业。

　　 第一临床医学院是以中医临床各学科为主的集教学、科研和临床医疗为一体的教学单位。主要承担全校医学类专业临床课程的教学工作，每学年承担临床课的教学任务约2万余学时，其中本科生约15000学时。学院教师主要实行课堂理论教学与临床医疗工作轮换的制度，既保证学校教学任务的完成，又保证教师医疗水平的提高，从而更好地提高教学质量。

　　 学院师资力量雄厚，队伍结构合理，学校本部现有教职工129名，其中专任教师84人。其中教授、研究员25人，副教授、副研究员18人，有博士学位者43人，硕士学位者29人。学院还建立了一支由附属医院、鼓楼医院、军区总院、南京大学等教授组成的兼职教师队伍。

　　 全院上下开拓进取，严谨治学，唯善唯精，涌现了一批在省内外享有较高声誉的专家，现有享受国务院特殊津贴专家2名；全国名中医2名；江苏省名中医、名中西医结合专家5名；现有江苏省“333”工程培养对象2人，江苏省“青蓝工程”学术带头人培养人选2人，江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师培养人选2人；六大人才高峰第四批培养对象1名。有全国劳动模范汪受传教授、江苏省名师潘立群教授等杰出教师代表。博士生导师15名，硕士生导师43名。

　　 有中医内科、中医外科、中医妇科、中医儿科、中医五官、中医内科肾病、中医内科肝病等各级重点学科7个。其中国家教育部重点学科1个、国家重点（培育）学科1个，国家中医药管理局重点学科建设单位3个、江苏省省级重点学科3个、校级重点学科1个，另中西医结合临床学科被列入校级重点学科建设点。在所有学科中，除中西医结合学科较年轻外，其它学科的发展都相对成熟，中医儿科学学科在全国同学科领域已处于领先水平，中医内科、中医妇科、中医外科、中医五官处于全国中医院校同学科的前列。

　　 我院中医学专业是省和国家品牌特色专业，教学实验中心是省级和国家级教学实验示范中心，部省共建教学实验室3个，中医儿科是国家和省优秀教学团队，中医内科是省级优秀教学团队，有国家精品课程1门、省级精品课程2门，校级精品课程11门，校级科研团队2个。

　　第一临床医学院坚持科研与教学相长的策略，科研总体水平良好，在科技成果转化为现实生产力方面做了较大努力，取得了一定的社会效益和经济效益。全院教师潜心治学，学术氛围浓厚，硕果累累。近五年新中标国家自然科学基金项目5项，十一五科技支撑项目8项，“973”项目1项。

　　 第一临床医学院今后将按“有所为，有所不为”的建设发展方针，凝炼方向，突出重点，优化结构，培育特色，重在创新。确立以育人为中心，教学、科研为主体的工作总目标，保证学院各项事业和谐、健康、可持续发展。建章立制，规范管理；加强师资队伍建设，建立一支数量相当、结构合理、素质优良、相对稳定的教师队伍；围绕培养优质的能够适应市场需求的中医药高级人才，加强专业、教材建设，优化课程设置，改进教学方法，强化实验室及教学辅助设施建设；以重点学科建设为笼头，加强科学研究，提升我院的整体竞争力，促进医、教、研三位一体的协同发展。