基础医学院现设有院长1名，党委书记1名，副书记1名，副院长2名，办公室（综合办公室，教学科，学生科及团委），下属系2个（法医系、药学系），专业教研室11个，实验中心4个（基础医学实验中心、药学实验中心、病理生理学实验示范中心、法医学综合实验室），校属研究所2个。学院办公室现设主任1名，党务秘书1名，教学科长1名，学生科长1名，团委书记1名。各专业教研室包括解剖教研室、生理教研室、病理教研室、病理生理教研室、药理教研室、生物教研室、组织胚胎学教研室、药化教研室、药分教研室、药剂教研室、法医教研室。基础医学实验中心下设形态实验室、机能实验室、解剖实验室。药学实验中心下设第一、第二实验室。药理学为省级重点学科，病理生理学为省级重点发展学科。

基础医学院现有教职工95人，其中博士2人，硕士44人，具有正高级职称13人，副高级职称27人，硕士生导师9人。

基础医学院主要承担河北北方学院医学类专业大部分的基础医学教学任务。解剖教研室主要开设有《系统解剖学》、《局部解剖学》、《人体解剖生理学》；生理教研室主要开设有《生理学》、《麻醉生理学》；病理教研室主要开设有《病理学》、《口腔组织病理学》；病理生理教研室主要开设有《病理生理学》；药理教研室主要开设有《药理学》、《临床药理学》、《麻醉药理学》；生物教研室主要开设有《医用生物学》、《医学遗传学》、《细胞生物学》；组织胚胎学教研室主要开设有《组织胚胎学》；药剂教研室主要开设有《药剂学》、《生物药剂学与药物代谢动力学》；药化教研室开设有《药物化学》、《天然药物化学》；药分教研室主要开设有《药物分析》、《分析化学》。在以上课程中河北省精品课程1门，校级精品课程11门。

基础医学院除承担学校的教学任务外，各教研室教师还申报承担省、市、校级各级各类科研课题。基础医学院有硕士点三个分别为人体解剖与组织胚胎学、病理学与病理生理学、药理学。

基础医学院目前管理10个专业的医学专业学生（临床医学本科，临床医学专科，法医学本科，药学本科，口腔医学本科，影像医学本科，影像医学专科，麻醉医学本科，护理医学本科，护理医学专科）。学生总数2533人。