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华东理工大学药学院成立于2004年10月，由华东理工大学与中国科学院上海药物研究所合作共建。国家食品药品监督管理局原副局长任德权教授任名誉院长，国家973首席科学家、中国科学院上海药物研究所研究员蒋华良博士任首任院长。
药学院下设药物科学系（2006年6月成立）、制药工程系（2006年3月由原化学与制药学院转入）、药学实验教学中心（2006年12月成立）、上海市化学生物学重点实验室（2005年1月由原化学与制药学院转入）、中药现代化工程中心（2005年2月成立）、制药工程与过程化学教育部工程研究中心（2007年1月成立）以及GMP研究中心（2009年6月成立），研究内容涵盖了化学药、中药、农药和制药工程四个领域。
药学院依托中国科学院上海药物研究所的创新药物研究实力，结合华东理工大学在化学工程、制药工程、生物工程等领域的工科优势，理工结合，在教学科研和学科建设中创特色学科，造精品专业，办名牌学院。争取在不长的时间里，以“良药苦口、忠言逆耳”为院训，积极进取、敢为人先、创制良药，将药学院建成我国一流药物学家和制药企业家的摇篮！
学院师资力量雄厚。现有教授25名、副教授33名；其中兼职院士1名、国家973首席科学家2名、长江学者1名、上海市领军人才2名、国家杰出青年基金获得者3名、教育部新世纪优秀人才4名、上海市优秀学科带头人2名、上海市东方学者1名、上海市曙光学者5名、上海市浦江学者9名、上海市青年科技启明星3名、校特聘教授3名、校讲座教授9名、博士生导师21名。学院现有专任教师66名，在读本科生891名，硕士研究生322名，博士研究生138名。
学院成立短短几年来，学科建设已取得很大发展。拥有药学一级学科博士点，化学生物技术与工程、药物化学、农药学、制药工程与技术等二级学科博士点；药学、中药学、植物保护三个一级学科硕士点，化学生物技术与工程、制药工程与技术等二级学科硕士点；其中农药学为上海市重点学科，药学在2009年教育部公布的学科评估中名列全国第十。学院还建有药学一级学科博士后科研流动站，设有全日制和非全日制制药工程工程硕士、项目管理（药品GMP方向）工程硕士、药学和中药学硕士等专业学位点。
学院拥有制药工程、药物制剂、药学三个本科专业。其中制药工程专业起源于1952年建校时的化学制药工学，是国内最早创办的同类专业，已为我国制药领域培养了大批工程师、企业家和科学家；现为教育部制药工程专业教学指导委员会主任单位，主持制订了全国“制药工程专业规范”；2008年1月入选教育部第二批特色专业，2010年5月入选教育部首批“卓越工程师计划”试点专业。
学院目前承担着国家自然科学基金、科技部973计划、863计划、卫生部、总后勤部“重大新药创制”科技重大专项等国家和省部级科研项目200余项，年均经费到款2000多万元。已在J. Am. Chem. Soc.， Angew. Chem. Int. Ed.， Chem. Comm.， J. Med. Chem.等本领域国际顶级刊物发表研究论文20余篇，年均发表SCI收录论文近百篇，并已取得了以国家科技进步二等奖为代表的多项科研成果。
学院充分发挥海归人才优势，积极开展国际合作和学术交流活动。学院成立六年来，已与加拿大多伦多大学药学院、德国维尔茨堡大学药学与食品化学研究所建立了合作关系，并先后邀请了美国新墨西哥大学、英国贝尔法斯特女王大学、日本京都大学、韩国明知大学等校的著名学者前来上课，并合作培养学生。还负责承办了多次国际学术研讨会，提高了学院和学校的知名度。学院于2006年11月获得教育部和国家外国专家局资助，建设学科创新引智基地（简称“111”计划），为国际合作和科研创新提供了平台。
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