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近代物理研究所前身为华东理论物理研究所与化学物理研究室，二者分别成立于1990年和1991年，2002年合并成立近代物理研究所。由张鉴祖教授担任所长，贺黎明教授现任常务副所长。
研究方向主要有以下几个方面
理论物理：非寻常条件下量子理论和超标准模型的研究，极端条件下原子分子奇异性研究、甚小空间尺度下量子新理论的研究
原子与分子物理：计算原子物理；原子分子团簇；药物分子结构模拟及设计；托可马克中等离子物理问题的计算研究
液晶化学物理：液晶等新材料的研究与开发
光学及物理应用技术：光学设计与微电子器件等
科研项目
近几年近代物理研究所承担的科研项目有：q畸变量光学奇异特性、亚量子力学和相关问题研究、新型角型液晶分子的合成与研究、车灯的光学模拟及设计、非对易空间量子理论可检测低能遗留效应（Relics）及相关问题研究、托可马克电子加热占主导时的热输运研究、TFT液晶材料的开发及应用、上海市平板显示人才培养和学科建设专项等国家自然科学基金及横向科研项目。近年来获专利三项，在Phys. Rev. Lett.、App. Phys. Lett.、Phys. Rev. D、Nucl. Phys. B、JHEP 、Eur. Phys. J. C、Phys. Lett. B、Chem. Phys. Lett.、Phys. Chem. Lett. 等国际著名刊物上发表论文数十篇。
学术交流
1991年以来，已有美国麻省理工学院、普林斯顿高等研究院、德国普郎克物理研究所（海森堡研究所）、海德堡大学、法国皮尔和玛丽·居里大学（巴黎大学VI分校）、英国帝国理工学院等国际领头学府的著名物理学家20多人次应邀来访。
近代物理研究所所长张鉴祖教授与诺贝尔物理学奖获得者，国际理论物理中心前主任A. Salam教授在ICTP
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