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上海海洋大学工程学院是在我校1912年成立时所设渔机科基础上发展而成的传统特色学院，于2006年1月18日正式成立。
工程学院是海洋大学整体实力雄厚的学院之一，拥有一支结构合理、年富力强、学术思想活跃、综合素质好的优秀学术队伍。具有高级职称的教师20人，硕士生导师12人，有博士学位的22人，有硕士学位的16人。学院有机械设计制造及其自动化、工业工程、电气工程及其自动化、物流工程四个本科专业，新申请的“海洋能源工程”专业已初步获批。拥有“机械设计及理论”专业硕士学位和“机械工程”工程硕士授予权，与美国佛罗里达理工学院和澳大利亚库克大学实行2+2的本科和3.5+1.5的硕士生联合培养的办学模式。拥有海洋工程研究所、渔业节能研究所、生物机电工程中心和大学生科技活动中心。聘请西安交通大学、西门子中国有限公司、日本国立三重大学、日照市港务局、上海集浪能源科技有限公司多位专家作为学院的兼职教授。实验室现有仪器设备总价值2，000万元；拥有农业部颁发的渔业船舶设计丙级证书；拥有AutoCAD、SolidWorks、ADAMS等现代设计与系统动态仿真软件，具有提供CAD/CAM/CAE培训与认证资格。
工程学院具有较强的科研实力，拥有较宽的研究领域和良好的科研基础，主要研究方向涉及海洋工程装备、现代农业和渔业装备及相关控制技术、食品加工机械、电子与电气工程技术等。近年来，承担多项国家及省部级重要项目，如863现代农业技术领域重大项目“上海设施农业精准控制技术”、科技部科技支撑项目“鲜活水产品长距离物流技术开发与产业化示范”。获得多项发明专利和省、部级奖项，发表一批高水平学术论文，培养出了大批高层次人才，在国内外产生了重要影响。与农业部、国家海洋局、中海油、日照港集团公司等部门和企业进行长期的科研合作。
学院今后建设和发展的总目标是：紧紧围绕学校第七次党代会确定的发展目标，围绕学院改革发展稳定的大局，争取到2012年，形成本科专业和硕士点、博士点布局合理的、有重点学科相匹配的、优势与特色鲜明的、在上海地区和国内有重要影响的教学科研型学院。以国家和上海发展海洋战略为依托，围绕海洋生物机电工程进行专业、学科建设、人才培养和科学研究，不断提高办学效率及水平，努力把我院建设成为培养高素质应用型人才的摇篮。
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