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海洋科学学院是在1912年学校成立时所设捕捞科基础上发展起来的传统特色学院。设有海洋渔业系、渔业资源系、海洋环境系和海洋信息工程系，建有大洋渔业资源可持续开发省部共建教育部重点实验室、大洋生物资源开发和利用上海市高校重点实验室、农业部大洋渔业资源与环境科学观测站、上海市远洋渔业工程技术研究中心等省部级科研平台，同时与国内外研究机构合作成立了中美海洋遥感及渔业信息研究中心、海洋渔业遥感与GIS技术实验室、大洋渔业环境信息与渔情预报产业化基地、海洋生态系统与环境实验室、海洋法律与政策研究所等一批特色科研平台，设有中国远洋渔业分会鱿钓技术组、金枪鱼技术组、大型中层拖网等全国性技术性咨询和服务机构。农业部远洋渔业培训中心也挂靠在学院。
现有捕捞学、渔业资源学、渔业水域治理和保护3个二级学科博士学位授予点；水产学科（捕捞学、渔业资源学、渔业水域治理与保护）、环境科学与工程、海洋科学3个一级学科硕士学位授予点；海洋渔业科学与技术、环境工程、海洋技术、海洋技术（海洋测绘）、海洋管理、海洋科学（环境海洋学）、海洋科学（海洋生物资源）等7个本科专业，其中海洋渔业科学与技术专业被列为国家管理专业，2007年被教育部评为国家特色专业和上海市教育高地。以周应祺教授为首的海洋渔业科学与技术教学团队获2008年国家和上海市教育团队。捕捞学为农业部和上海市第二、第三期重点学科，海洋环境工程为上海市教委第五期重点学科。
至2011年9月，共有教职工82名。教师62人，其中教授16名、副教授等23名。全院有院士1名（柔性引进）博士生导师7人，硕士生导师29人。此外，有双聘院士1名、特聘国内外教授10人。学生1349人，其中本科生1140人、硕士生185人、博士生24人，高级职称占48.6%，具有博士学位的教师39名，占总教师人数的73.6%。享有国家政府津贴5人，第六届国务院学位委员会学科评议组成员1名，国家级有突出中青年专家1名，省部级有突出贡献的中青年专家2名，教育部本科教学指导委员会成员2人，教育部新世纪优秀人才1人，上海市领军人才1人，新世纪百千万人才1人，上海市曙光跟踪计划1人，上海市曙光学者2人，上海市科委启明星3人。
建校近百年来，海洋科学学院为我国生产、教育、科研和管理部门培养和输送了大批优秀高级的专业人才，许多校友已成为所在部门的领导和科研骨干，特别是为远洋渔业的起步和发展提供了强有力的技术支撑。在广大教职工的努力下，学院在教学、科研上取得了丰硕的成果。曾获国际级教学成果一等、二等奖，上海市教学成果特等奖、一等奖，国家级科技进步二、三等奖，农业部科技进步一等、二等奖，全国农牧渔业丰收奖一等奖，中华农业科技神农奖三等奖，教育部科技进步二等奖，上海市科技进步一、二、三等奖，国家海洋局科技创新成果一、二等奖，上海市产学研工程一等奖等奖项近40项。
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