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上海中医药大学有着悠久的体育传统，在长期的办学过程中，学校始终把体育工作放在重要位置。体育部下设传统保健体育、公共体育、运动医学三个教研室和国际体育交流中心、后勤中心五个分支，承担全校的体育教学、运动训练、体育科研、学生体质健康测试以及运动医学学科建设和学生管理等各项工作。
上世纪90年代初我校进行俱乐部制体育课教学模式改革，经过了10多年的探索和实践，无论在教学质量还是学生积极性方面都取得了取得了令人瞩目的成就。通过增设学生感兴趣的体育项目、加强传统保健体育教学、进行能力考核、丰富体育社团、组织各种体育比赛等一系列措施，学生无论在身体素质、运动技能，还是在心理素质和创新能力方面都有了很大的提高 。我校的传统保健体育是学校的特色，经过多年的探索和不断创新，我校积累了丰富的传统保健体育教学经验，并创编了多套中医养生功法，如八段锦、五禽戏和易筋经等，投入市场后反响均不错。
1996年我校被教育部指定为“全国大学生武术训练基地”，校武术队被教育部评为高水平运动队。排球队也在2005年被评为高水平运动队，女篮和游泳也发展得有声有色。
武术是我校的传统优势项目，武术队在学校领导多年的关心支持下，结出了累累硕果。由我校牵头组织的上海市高校武术比赛开展至今，已历经26届，其中共有24届的团体冠军由我校摘得。在连续八届的全国中医院校传统保健运动会上，我校均摘得了团体冠军的奖牌。另外，在全国大学生武术锦标赛上，我校也有6届获得团体冠军。
2006年，我校武术队在全国大学生武术锦标赛中获得总团体冠军、男团冠军、女团冠军、8枚单项金牌；在第八届全国中医药院校传统保健运动会上获得男团冠军、女团冠军、套路团体冠军、15枚单项金牌；在上海高校武术比赛中继续蝉联男、女团体冠军的佳绩，为我校50周年校庆送上了一份贺礼。
科研方面，99-05年间，我部在各体育期刊上共发表论文59篇，并多次在上海市高校体育论文报告会上获奖。仅05年度，我部就负责了6个校级课题的建设，完成了国家体育总局的课题《中医院校健身气功课程教学模式设计与应用研究》和上海市教委课题《上海中医药大学中医学运动医学方向课程体系建设的研究》。
凭借学校的中医药大环境以及体育部良好的运动氛围，我部于2003年成立了运动医学专业，学制为五年制本科，这在国内是首次。新专业的建设倍受学校和社会同仁的关注，对我们体育部也是一个挑战，为此我们倾注了大量的心血，在学科建设、学生能力培养和科研方面下足了功夫，也取得了一定的成绩。同时我们也在不断挖掘资源、吸取各方经验，力求在08奥运之际把第一届运动医学学生成功推向市场。
06我们又迎来了第二届传统保健体育硕士生，研究生的培养对我们更是挑战，我们体育部也正全力以赴，以学科建设为龙头，逐步提升体育部的教育教学水平和科技含量。
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