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上海高校中医内科学E-研究院依托于上海中医药大学，建设有学术委员会和管理委员会对研究院的各项工作进行指导、管理。
中医内科学E-研究院紧密围绕“辨证论治”这一学科重大基础问题，针对中医内科防治的优势病种——器官组织纤维化疾病、肝癌、类风湿性关节炎等疾病，基于现代循证医学的基本理念，着眼于病、方、证的相关性，坚持辨证论治思维特征与现代科学设计融合的研究思路，围绕方证相关物质基础，结合现代系统生物学的研究方法，建立蛋白质组学与蛋白质垂钓等的中医药研究技术平台；研究病证相关的现代科学基础；系统探讨有效中药复方的作用机制；探索循证中医学研究的基本方法与可行性途径；开展以中医方剂为载体的“方证相关”及其相关物质基础等方面的探索研究，力求在中医药研究的思路与方法上有所创新，在“病证相关”及方剂作用物质基础的研究方面形成特色。并通过中医内科学E-研究院的建设，形成了“中医证候”、“中医复杂系统研究”两个新的研究方向，以期对中医内科学学科的发展起到推动作用。
中医内科学E-研究院通过聘任校内外相关学科优秀学者作为特聘研究员，并培养青年骨干，组建研究队伍；通过网络信息平台的建设，充分资源共享与跨地合作，充分实现E化（电子信息平台）环境下的人力资源、数据资源、网络通讯资源、仪器设备与技术等资源的全面共享，满足科学家之间的交流与合作，以促进开展相关研究顺利进行。
中医内科学E-研究院的总体目标在于通过十年的建设，形成几个相对稳定、具有特色和位于本学科前列的研究方向；建立一支相对稳定、在国内（国际）具有一定影响的学术梯队；取得一批同领域中居于领先地位的学术成果；建成1-2个开放的重点实验室；成为中医内科学基础研究的国际中心机构之一。
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