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经原国家教育委员会审核批准，1995年上海交通大学在原船舶与海洋工程学院中设置交通运输（国际航运）专业，同时成立国际航运系。本着“起点高、基础厚、要求严、重实践、求创新”的教学传统，以经济、管理和法律为三大主干，依托雄厚的科研、教学力量，已为国内外各类航运企业和科研机构培养了七届高素质的航运航务管理人才。已完成各类课题近20项，其中3项获省部级科技进步奖；发表论文50余篇，其中1篇获上海市科协青年优秀科技论文奖；编写专著4本。系内现有专任教师6名，其中教授1名，副教授2名，讲师1名，助教2名。有非本系专任教师和兼职教师多名。本学科拥有交通运输专业学士学位授予权和“交通运输规划与管理”硕士学位授予权及“物流工程”工程硕士授予权。近三年的大致就业去向为：外资企业、中外合资企业、国内港航企业。其中，有近15%的本科毕业生在国内外攻读硕士学位。该专业目前的主要研究方向为：水运系统技术经济分析、航运系统规划、多式联运与信息化、现代航运物流理论与实践、管理现代化等。该专业的培养目标是：德、智、体全面发展，具有从事航运规划与管理、国际船务、货运代理、国际贸易、船舶贸易与经营、经济预测和海事纠纷审理等方面工作的能力，能开展与国际航运有关的经济、管理和法律等领域研究的高级专门人才。
主要课程有：国际贸易实务，船舶贸易与经营，船舶原理，微观经济学，班轮与租船运输，海商法，集装箱运输技术，国际多式联运，航运电子商务，航运管理，管理信息系统，工程经济学，预测与决策和物流学等。
学生毕业后可从事国际船舶代理、货运代理、航运管理、船舶贸易与经营、海上保险和海事仲裁以及与国际航运与物流有关的经济、管理和法律方面的工作和教学科研工作。
副系主任：胡昊（主持工作）、赵一飞
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