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上海交通大学药学院由上海交通大学和上海医药工业研究院共建，于2000年2月26日成立。药学院是上海交通大学的二级学院，主要任务是招收和培养本科生、研究生（硕士、博士），学科建设、科学研究、技术开发、成果产业化等。
药学院传承上海交通大学追求卓越的信念，以建设世界一流药学院为奋斗目标，践行知识传授、能力建设和人格养成的“三位一体”人才培养理念，以本科教育为立院之本、科研为强院之路，充分发挥学科齐全、研究力量雄厚的优势，坚持教学和科研并重，培养综合素质高、专业知识面宽、业务能力强、具有竞争力的研究型和创新型药学本科人才。
具有药学博士后流动站、药学博士学位授予权、药学和中药学硕士学位授予权。2010年全球学科排名中药理学与毒理学跻身ESI全球研究机构的前1%行列，4月-6月间该领域国际论文被引总频次增长速度居全球之冠，荣登ESI “Rising Star”。先后承担国家重大科学研究计划、“973计划”、国家自然科学基金、“国家重大新药创制”重大专项、“863计划”、“支撑计划”等众多国家级重大和重点项目以及省部级重大和重点项目、国内外横向合作研究项目。近五年来，授权发明专利80余项，发表SCI/EI论文500余篇，其中在Science，Nature Review Drug Discovery，Journa1 of Proteome Research，Cancer Research 等国际顶级期刊发表了数十篇有较大影响的学术论文。拥有“细胞工程及抗体药物”教育部工程研究中心（筹）、国家中医药管理局三级实验室、国家“重大新药创制”技术平台，以及“临床评价研究技术平台-临床药物动力学和药物代谢组”建设点等重要平台基地。
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