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医学是同济大学开设最早的专业。1907年德国医生宝隆创办了“德文医学堂”；经过100多年的发展成为现在的综合性大学——同济大学。
医学专业经过了将近半个世纪的变迁。但是同济大学仍然非常重视重新发展医学，于2000年恢复了医学院。近年来，医学院作为同济大学的重点建设和发展学科，取得了一系列令人瞩目的成就，而且还将在将来创造不凡的业绩。
同济大学医学院目前设有基础医学院、“再生医学系”、“免疫学与病原生物学系”、“病理学与病理生理学系”、“护理系”和五个附属医院：附属同济医院、附属第十人民医院、附属东方医院、附属肺科医院及附属第一妇婴保健院，主要开展临床医学专业的本科生（包括五年制、七年制和八年制）和研究生培养，授予学士、硕士和博士学位。
医学院拥有世界卫生组织命名的“WHO围产保健合作中心”；拥有两个上海市重点学科（胸外科重点学科和护理学科重点学科）、三个上海市重点专科（心力衰竭诊治重点专科、口腔种植修复重点专科和创伤骨科重点专科）；中医心脑血管和视觉复明（与外院共建）两个上海市临床医学中心；拥有上海市产前诊断中心和上海市早产儿医疗护理中心；拥有上海市结核（肺）重点实验室和“心律失常教育部重点实验室”。
“按传统全面发展，我们很难赶上别人，但我们可以探索一条同济医科新的发展道路，先在个别重点领域局部取得突破，再以局部带动整体。”医学院领导班子审时度势，决定将同济有限的医学资源，重点集中在国家有需求、未来发展前景看好的“干细胞”、“免疫学”、“肿瘤”、“老年病”和“中医”等五大领域，其中，“干细胞/ 再生医学”更被视为同济医科发展的重中之重。
2010年获得临床医学一级学科博士点，预防医学、中医、药学一级学科硕士点，制药工程（专业学位）硕士点。同时，生物医学工程一级学科博士点列入医学院。
学科发展方向明确 “人才兴院”战略充分顺应学院学科发展方向。院系建设打破原有教研室模式，重新组合成立三个学系“再生医学系”、“免疫学与病原生物学系”和“病理学与病理生理学系” ；初步建立31个课题组，实行课题组长负责制。重建十年来，学院聚集了许多像徐国彤、陈义汉、刘小青、徐俊、朱伟东、丁玉强等等知名年轻特聘教授以及董晨、林欣、孙毅、范国平等等客座教授。
近年来，通过大力引进和培养人才、营造科研氛围，学科建设有了突破性的发展，在《SCIENCE》和《Am J Hum Genet》等国际学术刊物上发表了重要学术论文，获得了包括国家自然科学奖二等奖、国家科技进步二等奖、教育部自然科学一等奖、上海市科技进步奖、上海市自然科学牡丹奖、上海市医学科技奖等在内的一批科研成果。仅2010年这一年，医学院合计发表SCI论文140余篇，获得国家自然科学基金项目达49项，总科研经费（不包括各附属医院）愈5000万。
医学院不断完善管理体制，成立了医学院教授委员会，实现民主管理、教授治学；分别在东方医院、第十人民医院、同济医院、第一妇婴保健医院、长征医院和长海医院设立六个临床转化医学研究中心，有力地促进同济大学医学领域乃至更广泛领域的科学研究工作；心律失常教育部重点实验室和干细胞研究中心在人才引进和平台建设等方面取得重要进展。“教育部创新团队”计划项目顺利通过验收，获得高度评价。
依据同济大学“知识、能力、人格”三位一体的培养目标，医学院把“卓越医师”人才培养计划列入了重中之重工作，以“学生为中心，能力为导向”，坚持“注重素质、强化能力、面向未来、多元发展”的培养理念，以 “知识、能力、人格”综合发展，具有崇高职业素养、宽厚基础知识和扎实专业技能的全面、人道的卓越医师为培养目标，秉承精英化医学教育的理念，充分利用同济大学学科门类齐全，教学设施完备，理工文法实力雄厚的特点，利用长期对外合作办学的优势，将建立教学质量保障和持续改进体系、突出临床实践技能和人文服务精神的教学特色、注重大学生创新能力培养和国际化合作教育作为贯穿医学院教育思想观念的主线。加强学生创新能力培养等方式，力求培养出融知识、能力、人格为一体的文、理、医相结合的人才。
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