信息工程学院下设计算机科学系、电子工程系、信息基础教学部、一个实验中心、四个研究所。现有计算机科学与技术、网络工程、信息管理和信息系统、电子信息工程、通信工程5个本科专业；计算机应用技术、计算机软件与理论、通信与信息系统、信号与信息处理4个硕士点，并有计算机技术和电子与通信工程2个工程硕士学位授予权。
学院现有教职员工112名中，有专任教师70名，含博士学位获得者35名、教授10名、副教授25名、讲师36名，本科生1600余人，研究生120余人。
学院主要科研方向：网络分布式计算在航运企业中的应用、计算机信息管理系统、模式识别、属性论方法、数据库、数据挖掘与知识发现、多媒体技术、通信理论与技术、信息理论与技术、交通电子与通信系统等。
学院贯彻以科研为导向，教学为基础，教学与科研并重的方针。为上海经济与社会发展和国际航运中心建设培养理论基础扎实、工程实践能力强和创新精神足的信息科学与技术工程人才。学院具有雄厚的师资和科研力量，先后承担国家863计划、国家自然科学基金、国防预研、交通部和上海市自然科学基金等重大课题以及企业委托的科研课题，获得可喜的研究成果，学院于2007年被列为上海市高校信息工程（港口航运）教育高地建设项目。
学院坚持“整体优化知识结构，培养创新意识，提高综合素质”的原则，实施模块式教学计划。以课堂教学为主，融操作、实践、科研等素质为一体，培养学生的创新精神和实践能力；学院现负责上海海事大学3个创新基地的建设，重视学生课外创新活动，通过建立创新实验室和研究性学习小组、组织科技竞赛活动、挑选优秀学生参与科研，吸引学生参与科技实践和创新，用好用活课堂上学到的知识，努力把自己培养成为高素质的信息技术人才。
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