中国科学院北京分院是中国科学院的派出机构，于2005年3月1日成立，与京区党委采用一个机构，两块牌子的形式合署办公。
北京分院机关共设置7个处和2个中心：综合处、人事处、干部工作处、科技合作处、宣传教育处、党群工作处、监察审计处，基建与房地产管理中心和离退休干部服务中心。
北京分院负责联系和管理北京、天津、山西地区的41个研究机构，1个教育机构，2个公共支撑单位，1个新闻单位。分院系统单位拥有3个国家实验室（含筹建）和37个国家重点实验室，4个国家工程实验室，4个国家工程研究中心和6个国家工程技术研究中心，50个中国科学院重点实验室；在基础研究、生命科学与生物技术、高技术研究与发展等方面均具有明显的综合研究优势和较强的高技术产业化能力。
北京分院系统拥有一支高水平的科技人才队伍。截止2009年12月底，在职职工总数为1.61万余人，各类专业技术人员1.30万余人，其中高级专业技术人员0.63万余人，其中有中国科学院院士157人，中国工程院院士20多人；拥有博士后流动站61个，在站博士后1210人；研究生培养单位43个，在学研究生1.73万余人（截止到2009年9月），其中博士研究生0.85万余人，硕士研究生0.88万余人。
京区党委是院属京区单位党建工作的领导机构，与北京分院采用一个机构、两块牌子的形式合署办公。京区党委所属京区单位共有基层党组织57个。京区党委的主要职能：负责院属京区单位和院部机关党建工作；负责全院创新文化建设工作；负责宣传和贯彻党的路线、方针、政策；负责院精神文明建设领导小组办公室和院思想政治工作研究会办公室的日常工作；领导京区纪委抓好党风廉政建设；领导京区工会、共青团和妇工委组织，支持他们按照各自的章程独立自主地开展工作；承担京区统一战线工作。
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