微生物学国家重点学科从1953年开始招收研究生，1972年创办农业微生物学专业，1977年微生物学本科专业招生，1981年被国务院学位办批准为博士学位授权点，1989年原国家教委批准为国家重点学科，1996年通过农业部“211”工程重点学科建设部门预审，1999年教育部批准设置“长江学者奖励计划”特聘教授岗位，2001年和2007年再次被评为国家重点学科。本学科已形成以老、中、青相结合，以中青年为主体，结构合理，创新意识强，发展潜力大的教学和科学研究队伍。
本学科以农业微生物为主要对象，在微生物农药、生物固氮与菌植互作、微生物学工程这三个传统研究方向已经形成鲜明特色和优势的基础上，根据国家需求和微生物学科发展趋势，新增农业环境微生物和微生物基因组与蛋白质组方向。
依托本学科，建立了一批重要的国家级和省部级研究开发基地，为科学研究和人才培养提供了重要保证。1990年建立“农业部农业微生物重点开放实验室”，1992年建立“农业部农业微生物研究所”，1998年建立“微生物农药国家工程研究中心”（国家发改委批准建立）和“农业部微生物产品质量监督检验测试中心”。其中，“农业部微生物学重点开放实验室”于2002年命名为“农业微生物教育部重点实验室”，2003年批准建设“农业微生物学国家重点实验室”，2006年通过科技部组织的验收。该重点实验室于1996、2001和2006年连续三轮参加了国家组织的国家重点实验室和部分优秀部门重点实验室评估，均获得良好成绩。2005年“农业部微生物产品质量监督检验测试中心”通过验收。这些研究基地的建设为本学科点迅速建成为全国微生物教学、科研和产业化中心之一及国际合作与交流中心的主要基地奠定了坚实基础。
2001年以来共承担国内外科研项目102项，经费达3742.7万元，包括国家973计划（3 项）、国家863计划（11 项）、国家科技攻关计划（2 项）、国家自然科学基金（27 项）、欧盟框架计划（2 项）等。获国家科技进步二等奖1项、省（部）市级科技奖励5项，申请专利10项，国家授权专利14项，发表论文305篇，其中SCI收录论文72篇；出版教材和专著29部，研制的微生物产品经济效益达1.1亿元。
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