厦门大学台湾研究院前身为厦门大学台湾研究所，成立于1980年7月9日，是全国最早成立的台湾研究学术机构，系教育部与福建省共建单位。下设政治、经济、历史、文学、两岸关系5个研究所和院办公室、文献信息中心、《台湾研究集刊》编委会。2004年2月19日经厦门大学批准，厦门大学台湾研究所改制为厦门大学台湾研究院，现有编制43名，其中教授9人，副教授10人。
建院20多年来，台湾研究院以“历史地、全面地、实事求是地认识台湾，促进海峡两岸学术交流，为祖国统一大业服务”为宗旨，致力于台湾政治、社会、经济、历史、文学、法律、文化教育以及两岸关系等方面的研究。截至2003年底，全院共出版有关台湾研究的专著、论文集、资料集等122部，发表学术论文1800多篇。1988年以来，在国家以及教育部、省、市社会科学成果的各项评比中，本院撰写的著作、论文共获得优秀科研成果奖103项。本院主办的《台湾研究集刊》（1983年创刊），是全国最早创办的专门研究台湾问题的学术季刊，被海内外学术界誉为在台湾研究领域具有重大影响的权威刊物，已先后列入“中文社会科学引文索引来源期刊”、“中国人文社会核心期刊”、“中国学术期刊综合评价数据库来源期刊”，并于2001年入选“中国期刊方阵”，目前《台湾研究集刊》在影响因子方面，排在港澳台问题类刊物的第一位。
台湾研究院在进行系统的基础研究和理论研究的同时，注重开展现实问题的研究，不仅承担和完成国家和省部级的大量科研课题，还完成了各级对台工作部门委托的大量调研课题。
台湾研究院重视对外学术交流，与海内外学术文化界建立了广泛的学术交流与合作关系。研究院每年除接待大量的台、港、澳及外国的专家、学者及其他人士外，还经常选派科研人员及研究生赴境外进行学术交流。仅2002-2003年两年，我院就接待来自台湾的专家、学者及其他人士489人次，香港学者8人次，外国专家学者、记者及其他人士63人次，赴境外进行学术交流32人次；2000年至2003年四年就召开了13次学术研讨会，其中海峡两岸学者共同参加的12次。目前与我院建立学术交流交往或合作关系的境外学术机构主要有：台湾大学国家发展研究所，台湾政治大学中山人文与社会科学研究所、国际关系研究中心，台湾中国文化大学大陆研究所，台湾淡江大学大陆研究所、台湾中山大学政治学研究所、中山学术研究所、大陆研究所，台湾暨南国际大学公共行政与政策学系、台湾云林科技大学汉学资料整理研究所、台湾东吴大学政治系，香港大学政治与公共行政学系，新加坡东亚研究所，美国亚太安全研究中心，日本创价大学等。
台湾研究院现有中国近现代史（台湾史研究方向）、区域经济学（台湾经济和两岸经贸关系方向）两个博士点，以及中外政治制度、区域经济学、专门史、中国现当代文学等4个硕士点。
台湾研究院具有较好的研究条件，现拥有一幢面积1700多平方米的办公楼，文献信息中心收藏台湾出版的图书20000多册、超过400 G数据量的台湾《中国时报》光盘、报刊资料合订本13000多册、长年订阅台湾及外文报刊230多种。每个办公所都配备有计算机和电话，并已建立了院内局域网、台湾研究数据库及全文检索系统和各办公所的工作站终端，可与国际互联网进行联接和数据传输。
台湾研究院于1997年和1999年先后被列为国家“211工程”的重点建设学科和福建省重点学科。以台湾研究院为母体组建的厦门大学台湾研究中心，荟集了全国研究台湾的精英，2001年入选为“教育部人文社会科学百院重点研究基地”。经过20多年的建设，台湾研究院已经发展成为具有较高的研究水准、较完整的研究领域、以中青年为骨干的全国台湾研究重镇之一。在科研队伍、研究成果以及在国内外的影响等方面，均居国内领先地位，在国际学术研究相关领域也享有较高学术地位。
台湾研究院的“十五”规划和2010年远景规划是，通过深化管理体制和科研体制改革，发挥多学科综合研究的优势，逐步形成台湾区域性综合研究的重点学科，把台湾研究院建成全国一流、世界领先的台湾研究基地，成为全国最好的台湾研究人才库、思想库和信息库。
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