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基础医学院前身为成立于1985年的基础医学部，2010年12月更名为基础医学院，2011年4月临床医学系并入基础医学院。目前承担本校相关专业的基础医学课程教学任务，负责临床医学专业本、专科学生管理工作，是学校师资、学生、教学、科研、学科和专业建设的主要支撑点。
学院现有教职工148人，其中教授25人，副教授26人，高级实验师6人，博士19人，硕士79人，博士生导师1人，硕士生导师38人。泰山学者岗位特聘教授1人，泰山学者海外特聘专家1人，享受国务院政府特殊津贴3人，全国优秀教师2名，山东省教学名师4名，山东省医药卫生中青年重点科技人才3人。
学院现有临床医学、临床医学与英语两个本科专业，全日制普通在校生6000余人。2007年临床医学专业被山东省教育厅列为省级特色专业建设点，2008年被评为第三批国家级高等学校特色专业建设点。临床医学专业生源优秀，近年来连续多年招生平均高考分数高于国家重点线。毕业生考研率60%以上，一次性就业率95%以上。该专业现有12所附属医院、20多所教学医院承担临床见习和实习教学任务。历经百年的文化熏陶与积淀，临床医学专业的学子形成了 “精益求精、无私奉献”的优良传统。 目前已为社会输送了约两万名高素质医学专业人才，遍及海内外，涌现出了一大批国内外知名专家学者、管理工作者、全国优秀教师、优秀共产党员、劳动模范，赢得了社会的广泛好评。
学院下设有生物化学、免疫学、生理学、病理生理学、组织胚胎学、人体解剖学、病理学、病原生物学、医学心理学、医学概论和艺术教育11个教研室，以及人体解剖学、形态学、机能学和分析学4个综合实验室。组织胚胎学、生物化学、生理学、医学微生物学、病理生理学和病理学6门课程为省级精品课程，免疫学、人体解剖学和人体寄生虫学3门课程为校级精品课程。生理学、病理生理学和病原生物学先后评为省级教学团队，生物化学为山东省双语教学示范课程。学院近年来有十余项教学改革成果获省厅级以上奖励，其中山东省教学成果一等奖一项、二等奖两项、三等奖两项，首届山东省研究生教育省级教学成果三等奖一项。
病理学与病理生理学2008年被山东省委、省政府批准为泰山学者岗位。病原生物学2011年被评为山东省“十二五”重点学科。基础医学为硕士学位授权一级学科，神经生物学为硕士授权二级学科，接受同等学力人员申请硕士学位。病理与病理生理学、生理学、人体解剖与组织胚胎学、病原微生物与免疫学4个学科为校级重点学科，神经生物学、免疫学和病原生物学为校级研究所。
学院近五年来承担厅级以上科研项目85 项，其中国家“973”计划子课题1项，国家自然科学基金课题15项，省部级课题26项，厅局级课题43项。在国内外学术期刊发表论文371 篇，其中SCI收录 25篇，出版学术著作5 部。获山东省科技进步奖三等奖1项，厅级科研奖19项。
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