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基础医学院
基础医学院具有30多年办学历史，承担着医学类本科、研究生和留学生等不同层次的教育工作，目前有18个教学、科研和管理机构，包括7个教研室、5个实验室、1个病原与媒介生物研究所、1个人体生命科学馆以及4个管理办公室。目前有专兼职教职工97人，其中教授21人，副教授等副高职34人，博士13人，硕士43人，高职和硕博比例均大于50%，拥有一批省（校）级学术带头人和教学名师。学院综合实力较强，面向全国招收硕士研究生，有2个云南省省级重点学科、1个省级重点专业、1个省级特色专业、1个省级立项建设新增博士学位点、1个云南省高校重点实验室、1个省高校示范实验室、2门省级精品课程、1个省高校优秀教学团队、2个校级重点专业、2个校级重点学科、1个校级示范（重点）实验室、4门校级精品课程和3门校级重点课程等支撑，先后主持承担了包括国家自然科学基金、云南省自然科学基金和云南省科技创新强省重点项目在内的70余项科研项目，获得过包括云南省科学技术奖二等奖、云南省自然科学奖三等奖、云南省科学技术奖三等奖和云南省教学成果奖二等奖在内的一系列教学和科研成果奖励，在国内外学术刊物发表各种学术研究论文1000余篇，出版教材和教学参考书30余部。
病原生物学
病原生物学是基础医学院的硕士授权专业，是与临床医学密切关联的一个桥梁专业，学制3年，设有医学微生物及其传染病、医学寄生虫及其传染病、感染与免疫、临床病毒学、病原分子生物学和传染病媒介生物6个研究方向，学生完成规定课程学习并通过学位论文答辩后，可授予医学硕士学位。
本学科专业有专兼职人员27人，其中教授11人，副教授等副高职10人，博士5人，硕士13人，高职比例近80%，硕博比例近70%，拥有包括云南省中青年学术和技术带头人及其后备人才4人、云南省高校教学名师2人、云南省教学科研带头人1人、云南省有突出贡献的专业技术人才1人、享受云南省政府特殊津贴3人和享受国务院政府特殊津贴1人等在内的一批教学科研带头人。
本学科是云南省省级重点学科，所依托实验室是云南省高校示范实验室和重点实验室，仪器设备总值600余万元，实验室装备先进，科研实力较强。近年主持承担了包括10项国家自然科学基金、9项云南省自然科学基金和1项云南省科技创新强省重点项目等20余项省部级以上科研项目，获得过包括云南省科学技术奖二等奖、云南省自然科学奖三等奖和云南省科学技术奖三等奖在内的一系列科研成果奖励。
本学科自2004年以来已招收了六届共96名硕士研究生。
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