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基础医学院为昆明医学院院本部集教学、科研及学生管理为一体的教学业务部门，其前身——基础医学部（成立于1987年），2000年改称基础医学院。
我院现有教职工201人，其中高级职称教师69人（教授16人，副教授53人），具有博、硕士学位教师96人，博士生导师2人，硕士生导师30余人；专任教师139人中具有硕士、博士学位的比例已达68.3%。我院有享受国务院政府特殊津贴专家、全国优秀教师、云南省突出贡献优秀专业技术人才、云南省优秀教师、云南省师德先进个人以及伍达观奖教金获得者等10余人。学院由化学、物理数学、生物学、生物化学、药理学、组织胚胎学、生理学、病理生理学、人体解剖学、病理学、免疫微生物学、寄生虫学十二个教研室，以及机能实验室、形态学实验室及分子生物学实验室组成。其中病理学与病理生理学、心脑血管病理生理学及肿瘤病理学为省级重点学科；人体解剖学、法医病理学为省级精品课程；寄生虫学、病理生理学为校级精品课程；生理学、病理学、物理数学、组织胚胎学、化学、寄生虫学、微生物学与免疫学、生物化学、解剖学为校级一类课程。学院的教学用房总面积为24410m2，其中实验室面积8624 m2 ，共有97个实验室或实习场所，其中教学用实验室63个，科研用实验室24个，陈列室10个，多媒体实验室24个。拥有多道生理记录仪、高效液相色谱仪、PCR仪及彩色图像分析仪等万元以上的设备192台（件）。
建国以来，除了在培养三万余名医学生中发挥重要作用外，1980年作为国务院学位委员会批准的首批硕士点授权单位，先后开始面向全国招收病理生理学、生理学、寄生虫学、生物化学、药理学、病理学、解剖学等七个专业的硕士研究生；并相继成立了心脑血管病理生理研究室、呼吸生理研究室、人体解剖研究室、人类遗传与分子生物学研究室、肿瘤病理研究室、心血管药理研究室、寄生虫学研究室。其中病理学与病理生理学分别以肺部肿瘤和脑缺血研究方向挂靠外科学招收博士研究生。全体教师立足于云南、面向全国，为我国的本科生、研究生教育及高层次人才培养做出了积极的贡献。
早在1989年来，我院就率先提出高校应该“以教学为中心”办学的指导思想，并围绕中心积极开展各项工作。在完成全院本科临床医学、口腔、药学、预防、法医、检验、麻醉、护理等各专业基础课教学任务的同时，各教研室为本科及研究生开出必修课34余门，选修课18余门。为适应教学改革与发展的需要，先后建立了“基础医学机能实验教学中心”和“基础医学形态学实验教学中心”，两个中心分别于2006、2007年被评为“云南省省级实验教学示范中心”，使我院本科实验教学水平有了新的进步。学院非常重视师资队伍建设，近年来加大引进人才力度，引进博士逐年增多，学缘结构不断改善，近年共派出80余人前往国内进修学习，大大提高了教师专业水平。随着师资培养力度的加强，我院教师在各级各类教学讲课比赛中获奖的数量（或级别）一直名列前茅。多人担任全国核心期刊编委。由于重视科学研究在师资培养及学科建设培中的地位及作用，我院先后承担国家自然科学基金、教育部博士点专项基金、卫生部科研基金及云南省自然科学基金等80余项。先后获国家卫生部科技进步奖2项、云南省自然科学二等奖一项、云南省科技进步二、三等奖20余项，在国内外核心刊发表科技论文近600篇，国际权威检索系统（SCI等）收录30余篇。近三年编撰教材41部，先后获国家及省级教学成果奖10余项。为昆明医学院的改革、发展与稳定，尤其是教学质量的提高起到积极的促进作用。
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