实验动物研究所隶属于中国医学科学院、北京协和医学院。中国医学科学院成立于1956年，是我国唯一的国家级医学科学学术中心和综合性医学科学研究机构。北京协和医学院是美国洛克菲勒基金会于1917年创办。中国医学科学院与北京协和医学院实行院校合一的管理体制，设有18个研究所、5所分院、7所临床医院、5所学院。
实验动物研究所是中国医学科学院、北京协和医学院的支撑性研究所，成立于1980年，以实验动物研究、教学、生产和比较医学技术服务为主要任务，设有比较医学基础研究、人类疾病动物模型、病原实验研究、资源研究开发四个中心，初步形成了以基因工程动物模型研究、病理分析、影象分析、行为分析、传染性疾病实验研究、比较医学技术交流和职业技术培训为基础的全国范围内的技术和资源共享体系。
研究所是国家实验室认可和计量认证、生物安全实验室、GLP和国际AAALAC（Association for Assessment and Accreditation of Laboratory Animal Care，实验动物管理评估和认证委员会）认证机构，已经成为我国药物研究和医学研究的重要支撑力量之一。
在科研人员的不懈努力下，研究所通过加强模式动物品系的创制、保存，胚胎干细胞工程、质量保证体系、实验动物资源共享体系，已经逐步成为以人类重大疾病为研究目标，全面开放的国内一流、具有国际竞争力的科研机构，为我国生命科学研究提供强有力的支撑。
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