中国科学院亚热带农业生态研究所的前身是中国科学院桃源农业现代化研究所，1978年6月在湖南省桃源县成立，1979年迁至长沙市并更名为中国科学院长沙农业现代化研究所，2002年5月进入中国科学院知识创新工程试点序列，2003年10月更为现名。现有职工126人，其中创新岗位71名，研究员17名、副研究员33名。拥有生态学博士、硕士学位授予点和动物营养与饲料科学硕士学位授予点。已毕业研究生221名（其中联合培养62名），在读研究生148名，其中博士55名（联合培养10名），硕士93名(联合培养31名)。
2002年5月，亚热带生态所整体进入中国科学院知识创新工程试点序列，是中国科学院部署在我国亚热带区域的农业生态研究基地与平台。研究所学科方向为亚热带复合农业生态系统生态学，重点开展农业生态系统格局与过程调控、畜禽健康养殖与农牧系统调控技术和作物耐逆境分子生态学机理及其品种选育等三个方面的研究。目前设有区域农业生态研究中心、畜禽健康养殖研究中心、作物耐逆境分子生态研究中心和亚热带农业生态系统过程重点实验室等4个研究单元，分别在代表亚热带类型区的红壤丘陵区、喀斯特山区和平原湖区设立了桃源农业生态试验站、环江喀斯特农业生态试验站和洞庭湖湿地生态试验站，其中桃源站和环江站为国家重点站和中国科学院CERN基本站。
进入中国科学院知识创新体系后，经过几年的努力，亚热带所科技竞争力大大增强，科技创新能力得到明显提升，发展速度较快。争取项目的能力和层次均有大幅度提升，科技产出质量也有了很大的提高，先后取得了一批有重要影响力的科技创新成果。随着知识创新工程的不断推进，亚热带所的国际影响逐渐扩大。先后与联合国粮农组织、英国洛桑试验站、日本国立环境研究所、加拿大农业部健康与营养研究中心、澳大利亚联邦科工组织（CSIRO）等国际知名的农业研究机构建立了长期合作研究关系。2008年亚热带所被第三世界科学院正式接纳“TWAS-UNESCO准会员计划”成员，成为该计划的100个优秀研究中心成员之一。
建所30年来，亚热带农业生态所积极投身于国民经济建设主战场，围绕亚热带区域农业与生态环境协调发展开展了大量的研究，发展了区域农业生态系统格局和农业生态系统物质循环过程与调控管理、农区畜牧生态与健康养殖等新兴研究领域。特别是知识创新工程实施以来，研究所的发展步入了快车道，正朝着区域特色鲜明且有一定国际影响的亚热带农业研究机构行列迈进。
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