中国科学院昆明动物研究所（以下简称昆明动物所）成立于1959年4月，其前身为昆虫研究所紫胶站,1963年改名为中国科学院西南动物研究所，1970年划归云南省后改名为云南省动物研究所，1978年重归中国科学院，恢复原所名。
昆明动物所紧紧围绕国家战略需求，立足中国西南和东南亚丰富的生物资源，以“遗传、发育与进化”、“生物遗传资源保护、发掘与利用”、“动物模型与疾病机理、新药研究”为重点发展领域，相互交叉合作，开展基础性、战略性和前瞻性科技创新活动，为国家生物资源安全、人口健康和社会进步，提供先进的知识、理论和技术支撑。
2010年，根据院党组的部署，制定了研究所“十二五”发展规划、“创新2020”组织实施方案，并对研究所中心工作进行了调整，拟围绕基础性、战略性、前瞻性进行设计，加快从“跟着走”向“想着走”、“领着走”转变，积极参与战略性先导科技专项、三类中心和区域创新集群的建设；创新科研组织模式，弱化简单PI模式，由分散向跨所跨学科网格状新模式转变。
昆明动物所现有26个学科研究团组；有遗传资源与进化国家重点实验室、中国科学院动物模型与人类疾病机理重点实验室、中国科学院与云南省共建的“动物生殖生物学重点实验室”和“畜禽分子生物学重点实验室”；2个中国科学院-德国马普青年科学家小组；以及中国科学院-英国东安格里亚大学生态学与环境保护中心、与香港中文大学联合共建“生物资源与疾病分子机理联合实验室”、非法人研究单元“中国科学院昆明灵长类研究中心”；中国科学院-云南省人民政府“西南生物多样性实验室”，昆明国家生物产业基地实验动物中心、中国科学院昆明生物多样性大型仪器区域中心等联合共建的研究平台。中国科学院与云南省合作共建的“昆明动物博物馆”，馆藏各类动物标本65万余号，是我国热带、亚热带动物种类、数量收藏最多的标本馆；图书馆有中、外文科技藏书3.6万册，中外文科技期刊15.57万册。100万以上大型仪器装备总值3400多万元。
截至2010年底，昆明动物所共有在职职工298人。其中科技人员164人、科技支撑人员95人，包括中国科学院院士1人、第三世界科学院院士1人、研究员及正高级工程技术人员35人、副研究员及高级工程技术人员42人；全所进入创新岗位180人。共有中国科学院“百人计划”入选者14人（新增2人），“西部之光”人才入选者55人（新增7人）；国家杰出青年科学基金获得者7人（新增1人），国家“千人计划”（国家海外高层次人才引进计划）短期项目入选者1人，云南省高端科技人才4人（新增2人）。
昆明动物所是1980年国务院学位委员会批准的博士、硕士学位授予权单位之一，现设有动物学、遗传学、细胞生物学、神经生物学4个专业二级学科博士研究生培养点，动物学、遗传学、细胞生物学、神经生物学、生物化学与分子生物学5个专业二级学科硕士研究生培养点，并设有生物学专业一级学科博士后流动站，共有在学研究生249人（其中硕士生134人、博士生115人）、在站博士后20人。
2010年，昆明动物所共有在研项目378项（包括新增项目72项）。其中，主持国家重点基础研究发展计划（973）项目2项、国家重大研究计划1项，承担课题14项（新增2项）；主持中国高技术研究发展计划（863）课题1项；主持国家科技支撑计划课题3项（新增1项）；主持科技部“新药创制重大专项”4项（新增1项）；主持农业部“转基因重大专项”3项；主持国家自然科学基金重大项目1项（新增1项）、杰出青年基金2项（新增1项）、重点项目8项（新增3项）、重大研究计划重点项目1项（新增1项）、云南省—NSFC联合基金3项（新增1项）、面上项目42项（新增19项）、国际合作项目3项（新增1项）；主持中国科学院重要方向项目23项（新增7项，其中，“创新2020”重要方向项目3项），院地合作项目6项（新增5项）；主持云南省高端人才计划4项（新增2项），匹配支持国家项目7项（新增3项），面上项目24项（新增4项），中青年学术技术带头人后备人才7项（新增3项）。
2010年，昆明动物所创新成果显著。8月，《美国科学院院刊》（PNAS）杂志作为封面文章发表了张亚平院士组棘蛙族类群揭示喜马拉雅和东南亚地区重要地质历史事件，《中国自然》（Nature China）作为最新研究亮点对该成果进行了评论。9月，《美国科学院院刊》（PNAS）作为封面文章发表了Douglas W. Yu研究组利用经济学契约理论检测共生系统，该文从一个崭新的角度解释了生物界的共生关系。5月，（《自然》分刊）（Nature Biotechnology）发表了王文研究组家蚕基因组甲基化谱，这是我国科学家在家蚕基因组研究领域取得的一项重要成果，不但对理解昆虫表观遗传学调控的提供了重要的参考资料，也为进一步发掘家蚕人工驯化过程中潜在的表观遗传学贡献奠定了坚实的研究基础。10月，《美国科学院院刊》（PNAS）报道了季维智研究组非人灵长类转基因动物的研究成果。该成果是我国首例获得成功的转基因猕猴研究，标志着昆明动物所在非人灵长类转基因动物研究方面达到了世界领先水平。赖仞研究组在2009年提出“第三套”抗氧化系统工作的基础上，在肽类抗氧化系统研究中又取得新进展，抗氧化作用机制研究表明抗氧化多肽序列中的还原性半胱氨酸对快速地清除自由基起着关键作用。该研究发表在《美国自由基生物医学联合会会刊》上。
2010年昆明动物所共发表论文249篇，其中，SCI论文180篇（Nature及其系列 6篇，Science 2篇，IF>10以上的论文12篇，IF>9以上论文24篇）、CSCD论文51篇、其它论文18篇。申请专利18项，受理18项，授权专利6项。完成科技成果登记5项；获得云南省科技成果自然科学奖一等奖2项、二等奖1项、三等奖一项。
2010年，昆明动物所加大成果转移转化力度，成立生物产业化中心；并与北京迈康斯德医药技术有限公司、苏州光华实业（集团）有限公司、玉龙县雪山藏獒育种有限公司签订了合作协议；筹备成立“云南中科藏獒种质资源技术开发有限公司”。
2010年，昆明动物所有重大国际合作项目10项，其中新立项3项，在研3项，结题4项，与国外合作发表论文43篇；派出科研人员42人次，接待来访学者150余人次；主办、承办国际会议3次；与越南科学技术学院生态和生物资源研究所签署“合作备忘录”。
昆明动物所是云南省动物学会、云南省昆虫学会、云南省细胞与生物学会、云南省免疫学会的挂靠单位，负责编辑出版动物学核心刊物《动物学研究》。
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