中国科学院上海生命科学研究院（简称上海生科院）成立于1999年7月3日，是由中国科学院原上海生物化学研究所、上海细胞生物学研究所、上海生理研究所、上海脑研究所、上海药物研究所、上海植物生理研究所、上海昆虫研究所和上海生物工程研究中心等8个生命科学研究机构经过结构调整、体制创新而组建成的。现有8个研究所和3个支撑单元，分别是生物化学与细胞生物学研究所、神经科学研究所、药物研究所、植物生理生态研究所、健康科学研究所、营养科学研究所、上海巴斯德研究所和中科院－马普计算生物学伙伴研究所，以及上海生命科学信息中心、上海中科伍佰豪生物工程研究发展有限公司、上海实验动物中心。
上海生科院的重点研究领域主要有：功能基因组、蛋白质组和生物信息学，生物大分子的结构、相互作用及功能，细胞活动的分子网络调控，脑发育与脑功能的分子与细胞机制研究，防治重要疾病的新药研究开发、中药现代化研究以及药物研究的理论和方法，植物分子生理和植物与环境的相互作用，生物技术的创新和应用，生物医学转化型研究，现代营养科学研究，病毒学与免疫学研究，计算生物学研究，以及生命科学与其他学科的交叉研究。 上海生科院根据国家重大战略需求和世界科技发展前沿，围绕建设以人口健康与医药为主线的生命科学创新基地的战略目标，将科技创新活动聚焦于生命现象本质的前沿探索和基础研究，人口健康重大问题的转化型研究，生物资源、农业和环境的关键问题等三大方向，努力在蛋白质科学和表观遗传调控研究、信号转导和细胞活动分子网络研究、脑与认知、神经系统疾病、创新药物、干细胞、肿瘤、糖尿病机理、营养与代谢、传染性疾病、生物质能源、转基因作物等研究中作出重大原始创新的工作。上海生科院是在建的蛋白质科学研究南方设施项目法人单位。蛋白质科学研究南方设施的建立将提升我国生物技术高科技公司的核心竞争力，为我国打造出一个具有重大国际影响的国家级综合性生命科学研究中心，使蛋白质科学成为创新型国家的重要标志；并带动生命科学的整体发展和医药、农业、工业、环境等方面的生物技术进入国际先进行列。
上海生科院的使命是在满足国家人口与健康、生物资源与生态环境等领域战略需求的过程中，为国家、为人民作出不可替代的创新贡献。因此，开展科学研究，贡献创新成果是研究院的立院之本，是紧抓不放的根本所在。
承担国家任务
上海生科院积极承担国家和地方重大科研任务，共争取到国家与地方各类科研项目（不含药物所，以下同）989项。至2008年，共新增主持973项目7项、重大科学研究计划项目11项、国家重大专项6项；新增主持863课题111项；新增国家自然科学基金重点项目34项、重大研究计划23项、杰出青年基金项目29项，创新群体7项；新增中科院创新重大项目2项，重要方向性项目87项；新增上海市各类项目284项。
重要成果
上海生科院在以下领域取得了一批重大成果。
神经科学领域：在脑发育研究中发现了一系列调控神经生长锥转向生长和神经细胞定向迁移的机制；在学习与记忆研究中发现果蝇跨模态学习的相互协同作用，以及果蝇蘑菇体和多巴胺系统共同掌控基于价值的抉择；发现表达NG2胶质细胞的突触可塑性；在神经系统疾病机理研究中发现β2－肾上腺素受体激活与老年痴呆症的相关性，发现调控阿片受体分布及镇痛功能的机理；等。相关成果发表于《Science》、《Nature》、《Cell》等杂志。
细胞信号传导领域：在GPCR信号通路、Wnt信号通路、NF－κB信号通路、ERK信号通路的分子调控等方面取得大量研究成果。发现E2F6在紫外诱导的细胞凋亡中的作用及相关机制；发现新的ERK信号通路调控蛋白RKTG；发现β－arrestin调控Toll样受体－白介素1体的信号转导；发现β－arrestin1调节组蛋白乙酰化及基因转录的核内功能；等。相关成果发表于《Nature》系列、《Cell》及其系列等杂志。
表观遗传学领域：在这个新兴的前沿研究领域取得了快速并重要的进展。发现染色质组蛋白H3K79甲基化的调控机制和在白血病发生中的作用；发现WOR1的双稳态表达主控白念珠菌的白－灰形态转换；发现YL1蛋白N－端dsRBD结构域对miRNA前体加工；发现新表观遗传控制基因；等。相关成果发表于《Cell》及其系列、《PNAS》等杂志。
植物分子遗传学领域：在水稻基因组和植物功能基因组、植物的重要生理过程研究包括生殖发育、植物激素作用、代谢调控等分子机理方面以及在植物表观遗传学、信号传导以及昆虫功能基因组学、昆虫与植物的互作等前沿领域取得了重要进展。相关成果发表于《Nature》系列、《Plant Cell》、《PNAS》等杂志。
肿瘤相关机理领域：在对部分肿瘤的发病机理、治疗机理以及新靶点发现等研究中取得了重要进展。发现一种新的白血病肿瘤抑制基因失活的分子遗传学机制；发现新喜树碱衍生物NSC606985通过依赖PKC－δ的机制在纳摩尔浓度诱导白血病细胞凋亡；发现磷脂酰融合酶在白血病细胞分化中起重要作用；等。相关成果发表于《Nature》系列、《Blood》等杂志。
免疫学研究领域：在解决免疫学基础科学问题、改善临床诊断治疗技术和技术转化方面都取得了重要进展，在国际同行中产生了重要影响。发现生物体内调节CD4＋ T细胞存活和自身免疫的新机制；发现生物体内调节NK细胞杀伤活性和病毒免疫的新机制；发现生物体内调节炎症反应的新机制；等。相关成果发表于《Nature》系列、《Blood》、《PNAS》等杂志。
干细胞研究领域：在胚胎干细胞自我更新和定向分化的分子研究领域取得显著成绩。建立了人的胚胎干细胞系并实现无滋养层培养，实现人胚胎干细胞向神经细胞的定向诱导分化；发现对胚胎干细胞重要转录因子Oct4蛋白质的新的修饰方式；发现胚胎发育早期神经干细胞维持新机制；等。相关成果发表于《Cell》系列等杂志。
代谢疾病领域：在导致我国肥胖、代谢综合症、2型糖尿病等代谢性疾病的遗传、环境因素及其调控机理等研究中取得重要进展。发现Ufd1参与胆固醇合成调控的新机制；发现SIRT1调控胰岛素敏感性；发现与糖尿病相关的葡萄糖激酶构象变化机理；等。相关成果发表于《Cell》系列、《PNAS》等杂志。
发表高水平论文情况
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科技奖励
至2008年，上海生科院获国家科技奖励10项、地方科技奖励53项、军队科技奖2项。
2001年，生化与细胞所王恩多、王应睐、李勇、李彤、黄意巍等人完成的“氨基酰－tRNA合成酶及其与相关tRNA的相互作用”获国家自然科学奖二等奖。
2002年，生化与细胞所甘人宝、李载平、黄培勇、张倩、钱悦等人完成的“重组人表皮生长因子研制及临床应用”获国家科技进步奖二等奖。
2005年，生化与细胞所刘望夷、张劲松、刘仁水、何文君、凌俊等人完成的“核糖体失活蛋白与核糖体RNA结构与功能的研究”获国家自然科学奖二等奖。
2007年，生化与细胞所裴钢、高华、程智洁、荆清等人完成的“G蛋白偶联受体信号与其它细胞信号通路间的对话机制”获国家自然科学奖二等奖。
2007年，植生生态所韩斌、冯旗、张玉军等人完成的“水稻第四号染色体测序及功能分析”获国家自然科学奖二等奖。
2008年，生化与细胞所张永莲、陈小章、刘强、胡远新、李鹏等人完成的“精子在附睾中成熟的分子基础研究”获国家自然科学奖二等奖
知识产权与成果转让
至2008年，上海生科院共申请发明专利539项，其中国际和外国专利申请57项；授权发明专利197项，其中外国专利7项；获新药证书7项，国家新药临床批件5项（生物制品第一类）。
一批专利技术向国内外公司转让，包括基因工程酶法合成D－对羟基苯甘氨酸邓钾盐技术及2项有关专利、高丁醇比例的微生物发酵法生产丁醇丙酮专利技术、“T细胞疫苗治疗类风湿关节炎疾病”相关技术、与中科院上海有机化学研究所共同发明的抗艾滋病候选药物分子（“尼非韦罗”）、人胚胎干细胞系和小鼠胚胎干细胞系技术、治疗实验性自身免疫性脑脊髓炎的两个化合物等。
上海生命科学研究院坚持党管人才原则，牢固树立人才资源是第一资源的观念，紧密结合科技发展战略，整体规划人才队伍结构和人才计划，推进人事制度和分配制度改革，在构建现代人力资源管理体系、建设高水平创新队伍方面取得新进展。
人才队伍
现有职工（不含药物所，以下同）1528人，科技人员1135人。其中，中国科学院院士21人，中国工程院院士2人，研究员196人；副研究员和高级工程师等167人；国家“973”计划首席科学家6人；国家自然科学基金委创新群体6个；国家杰出青年科学基金获得者43人；中科院、国家外专局创新团队国际合作伙伴计划2支；中科院“百人计划”入选者99人，其中引进国外杰出人才95人，项目“百人计划”4人。已有30余位全职外籍专家，人才队伍国际化程度有较大提高。
研究生教育
上海生科院注重加强研究生创新能力和科学精神的培养，探索、建立和拓展了硕博连读、实验室轮转、师生双向选择、开设精品课程和第一作者讲坛等新型教育方法和模式，提高独立思考、自主学习和创新实践的能力。
2008年，在学研究生总数达1467人，其中硕士生494人、博士生973人，另有在站博士后102人，呈现出规模发展、水平提高的良好态势。
2000年—2008年各类获奖名单统计
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奖金名称
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2003
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中国科学院院长奖学金特别奖
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1
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中国科学院院长奖学金优秀奖
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全国优秀博士学位论文奖
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中科院优秀博士学位论文奖
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国际合作
上海生科院积极开展全方位、多层次、高水平的国际合作与交流活动，在国际合作领域努力追求创新跨越，持续发展，在科研、教育、人才队伍建设、平台建设等领域积极深化国际合作，有效促进了我院科技创新能力建设：
聘请国际知名专家担任评估顾问进行国际化评估；聘请知名专家担任研究所学术委员会委员、研究所所长、研究组长等；与国际科研机构开展密切合作，共建联合实验室，进行人员互访；与国际大公司合作，建立国际标准的知识产权管理体系，开展成果转化、合同研究；帮助第三世界国家培养研究生，招聘外籍博士后和留学生等，取得了显著的成果。
上海生科院与国外科学家共同申请了包括欧盟项目在内的数十项国际合作项目。Uli Schwardz教授获得2003年度国家外专局颁发的友谊奖。他和蒲慕明，Peter Gruss，分别获得1996年度、2005年度和2007年度的国家科技部国际科技合作奖。
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