南京大学是全国最早开展环境科学研究和教学的单位之一。1978年教育部批准成立环境科学研究所，1984年成立环境科学系，1993年更名为环境科学与工程系，1999年成立环境学院，下设环境科学系和环境工程系。自1978年以来，环境学院已逐步形成了本科生、硕士生、博士生、博士后和继续教育完整的环境教育体系。现有环境科学和环境工程两个系，以及“污染控制与资源化研究国家重点实验室”等10余个研究单位。
1994年环境科学成为江苏省重点学科，1996年列入南京大学“211工程”学科群建设计划，后列入南京大学“985工程”重点建设学科。2000年，环境科学与工程学科获一级学科博士学位授予权。2001年环境科学成为国家重点学科，同年环境工程成为江苏省重点学科。目前环境科学是国家重点学科，环境工程是国家重点学科培育点，环境科学与工程是江苏省一级重点学科。
环境学院现有教职工100人，其中教师77人，包括中国工程院院士1人，教授31人，副教授23人，博导26人。在校本科生360余名，硕士生320余名，博士生100余名和博士后研究人员10余名。2000年以来，主持国家、省部级研究课题数百余项，科研经费逾亿元。在国内外学术刊物上发表论文千余篇，其中SCI源刊物论文近500篇，在全国环境类单位中名列前茅。获国家、省部奖 50余项，研究成果具有国际和国内学术影响。
南京大学环境学院国际学术交流和合作日益活跃。2000年以来承担了欧盟项目“中国东部经济发达地区饮用水源中多氯化有机物的调查与风险评价”、“水体优先污染物对食品品质和人体健康的影响及其管理对策研究”等数十项国际合作项目，举办国际学术会议多次。与十多所国际著名大学和研究机构建立了长期合作关系。
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